После смерти отца, курфюрста Иоахима II, и дяди Иоганна Кюстринского (оба умерли в 1571 году) объединил в своих руках все бранденбургские земли.
С большой суровостью взялся за искоренение оставшихся после отца непорядков: велел замучить до смерти заведовавшего монетным делом еврея Липпольда, удалил многих из советников отца, заточил его любовницу Анну Сидов, серьёзно сократил сумму государственного долга.
Сословиям, взявшим на себя уплату 1 млн талеров долга, Иоганн подтвердил их привилегии и дал им дополнительные права. Ненавидя кальвинистов, он позволил иезуитам ряд самоуправств и после введения формулы конкордии строго преследовал отклонения от неё в своих владениях.
Принял у себя бежавших нидерландцев.
Семья
От трёх жён у Иоанна было 23 ребёнка; с наследным принцем Иоахимом Фридрихом у него возникла ссора, когда он в интересах детей от последнего брака захотел разделить бранденбургские владения вопреки гогенцоллернскому семейному закону («Dispositio Achillea»).
- Иоахим Фридрих (1546—1608), курфюрст Бранденбурга
- Георг Альбрехт (1555—1557)
- София (1568—1622)
- ещё два сына и пять дочерей, умерших в детском возрасте.
Третья жена — Елизавета Ангальтская (c 1577 по 1598). Их дети:
- Кристиан (1581—1655), маркграф Бранденбург-Байрейта
- Магдалена (1582—1616), замужем за ландграфом Гессен-Дармштадта Людвигом V
- Елизавета София (1589—1629)
