Происхождение
Мигель Идальго родился в семье Аны Марии Гальяги и Кристобаля Идальго-и-Костильи. Родители вступили в брак в 1750 году в церкви Франциска Ассизского в мексиканском городе Пенхамо, и через три года у четы родился второй сын, названный Мигелем. Всего в семье было четверо сыновей. Их мать умерла в 1762 году, вскоре после рождения младшего . Мигель рос на асьенде Сан-Диего-де-Корралехо, где служил управляющим его отец, и ещё в детстве узнал тяжелый сельский труд, живя бок о бок с крестьянами и батраками. Рано проникся сочувствием к их нелегкой доле и интересом к их культуре, благодаря чему выучил несколько индейских языков: отоми, науатль и пурепеча.
Коллеж святого Николая
В июне 1765 года двенадцатилетний Мигель вместе с братом Хосе Хоакином отправляется в Вальядолид (нынешнюю Морелию) и там поступает в иезуитский коллеж святого Николая, где изучает латынь, право, риторику, классических авторов, философию, теологию и другие церковные дисциплины. Там же он знакомится с трудом «История древней Мексики» (Historia antigua de M?xico) мексиканского историка Франсиско Клавихеро.
Именно там происходит становление личности Мигеля Идальго как интеллектуала и революционера: «Иезуитские коллежи представляли собой авангард современных идей в Новой Испании. В них начали обучать физико-математическим наукам, рассматривали идеи Декарта, Ньютона и Лейбница, из их аудиторий шло обновление схоластической философии». В 1810 году коллеж Святого Николая будет закрыт по причине явного сочувствия свободолюбивым идеям.
В 1767 году указом короля Карла III Бурбона иезуиты были изгнаны из Испании и колоний. В связи с этим коллеж закрылся на несколько месяцев, но в декабре занятия возобновились.
Друзья и соученики прозвали Идальго «Лисом» за его живость, ловкость и ум. В шестнадцать лет он уже преподает философию и теологию, не прекращая собственной учёбы. Изучает итальянский и французский язык, читает Мольера и впоследствии даже ставит спектакли по его пьесам в бытность свою священником в городе Долорес (ныне Долорес-Идальго). В 1790 году становится ректором своей альма-матер. Через два года за либеральные идеи отстранен от должности и направлен в приход в Колиме.
Двадцать семь лет Идальго провел в коллеже, где в свою очередь воспитал сотни студентов, которые, как например, Хосе Морелос, позднее последовали за учителем на его героическом пути: вооруженной революции.
Священство
В 1773 году Мигель Идальго получил степень бакалавра по философии и теологии. В 1778, в возрасте двадцати пяти лет, рукоположен в священники, а в 1784 «Диссертация об истинном методе изучения церковной теологии» прославила его в клерикальных кругах как «одного из превосходнейших теологов» вице-королевства. Получал назначения в разные приходы, до тех пор пока после смерти брата Хоакина в 1803 году не заменил его в приходе Долорес.
В Долорес он постарался улучшить экономическое и общественное положение своей паствы, открыв кузню, дубильню, гончарную, столярную, ткацкую и шорную мастерские. Построил водокачку, способствовал выращиванию винограда и тутовых деревьев для разведения шелковичных червей, выписал из Гаваны пчёл. На жалование покупал книги, а по вечерам читал и объяснял их ремесленникам. Со своим родственником организовал оркестр, чтобы его прихожане учились музыке. Восхищаясь французской культурой, читал Руссо, Дидро и Вольтера, устраивал у себя спектакли, такие как «Тартюф» Мольера, так что его дом называли «маленькой Францией». Из-за этого у него возникли серьёзные проблемы с испанской инквизицией.