Сведений о жизни Иакова не сохранилось, предание называет его благочестивым судовщиком и юродивым, который был убит громом около 1540 года. Житие сообщает, что в этот год на третий день Пасхи к новгородскому селению Боровичи по реке Мсте приплыла льдина с дубовой колодой (гробом) в которой лежало тело юноши. Жители, не желая разбирательств по поводу неизвестного покойника оттолкнули льдину на середину реки, но она вновь вернулась к берегу. Ночью сельские старейшины увидели во сне этого юношу, который сказал: «Я такой же христианин, как и вы. Не гоните меня. Моё имя Иаков, я получил имя в честь святого Иакова, брата Господня». После этого мощи поместили в часовне, а в 1544 году перенесли в Святодуховский храм. В этот же год было установлена празднование в честь святого Иакова Боровичского (с 1572 года установлено полиелейное празднование).
В 1657 году патриарх Никон перенёс мощи святого Иакова на озеро Валдай, в Иверский монастырь. Часть мощей осталась в Боровицком монастыре.
