Родился 22 декабря 1764 года, происходил из дворян. Воспитывался в Сухопутном кадетском корпусе, из которого выпущен 18 февраля 1785 г. поручиком в Ревельский мушкетерский (впоследствии егерский) полк. В 1792 и 1794 гг. участвовал в войне с Польшей, а 1794 — в подавлении восстания на захваченных польских землях. В 1801 г. произведён в полковники; в 1802 г. переведён в Таврический гренадерский полк, с которым принял участие в первой французской кампании 1805 г. В 1807 г. он уже стоял во главе полка. Находясь в это время в заграничном походе в Пруссии против французов, был ранен в сражении под Ландсбергом, однако из строя не выбыл и продолжал участвовать во всех делах до заключения Тильзитского мира. 26 ноября 1809 г. награждён орденом св. Георгия 4-го класса (№ 2090 по списку Григоровича—Степанова).
Во время Отечественной войны ему поручено было наблюдение за Волоколамской и Ржевской дорогами. Исполняя эту миссию, Жемчужников с июня по октябрь находился в Твери. Когда же русские войска перешли за границу, он снова прибыл к действующей армии и с отличием участвовал в сражениях при блокаде Шпандау, при Лютцене, Бауцене, Лейпциге, Магдебурге и Гамбурге. Эти дела доставили ему ордена св. Анны 1-й степени, св. Георгия 3-й степени, Прусский Красного орла и чин генерал-майора. В 1814 г., состоя при начальнике 7-й пехотной дивизии, находился в действующей армии вплоть до взятия Парижа; в 1815 г. — при появлении во Франции Наполеона, возвратившегося с острова Эльбы, участвовал во вторичном походе на Рейн.
По возвращении в Россию, был назначен командиром 1-й бригады 8-й пехотной дивизии. В 1819 г. состоялось его последнее назначение — на должность начальника 29-й пехотной дивизии в Оренбург. Со вверенными ему отрядами предпринимал неоднократные походы в степь. В 1826 г. он был произведён в генерал-лейтенанты, а в 1838 г. по расстроенному здоровью уволен от службы. Увольнение его сопровождалось скандальной историей: 20 марта 1833 г., на 46 году жизни скончался Оренбургский генерал-губернатор Сухтелен. Преемником его назначен был генерал-майор Перовский, которому тогда было только 39 лет; такого молодого корпусного командира в Оренбурге ещё не видали. Жемчужников был чином выше своего корпусного командира и запросил конфиденциально военного министра графа Чернышёва: должен ли он являться младшему чином Перовскому? В ответ на это следовало предписание: явиться немедленно и доложить, что за нарушение установленных правил воинской субординации он, Жемчужников, получил приказание немедленно подать в отставку. В отставку он подал, а все-таки не явился.
Умер 24 июля 1840 г.
