Парламент продолжал настаивать на выборе жениха. Елизавета не намеревалась делить власть с мужчиной, но в 1559 году она не могла в открытую спорить с парламентом: ему был дан уклончивый ответ. Многолетним фаворитом королевы был Роберт Дадли, граф Лестер. Их дружба зародилась ещё в раннем возрасте, так как будучи ещё детьми они росли поблизости. После смерти жены Роберта Дадли Эми Робсарт, якобы покончившей жизнь самоубийством, у него стало ещё меньше шансов приблизиться к королеве: власть и расположение народа она ценила гораздо больше, чем самую пылкую страсть. Королева была вынуждена провести тщательное расследование всех обстоятельств дела, связанных со смертью Эми Робсарт. Невиновность Дадли была доказана, однако, в народе ещё долго циркулировали слухи об убийстве. Роман королевы с лордом Дадли длился не одно десятилетие, и прервался только из-за его смерти в 1588 г. На протяжении всего своего царствования Елизавета многократно заявляла, что их связь была исключительно платонической. Так, в конце 1562 г., когда королева заболела оспой, то, назначив в случае своей смерти Роберта Дадли лордом-протектором королевства, она заявила придворным, что между нею и сэром Робертом «никогда не было ничего вульгарного». Даже в конце жизни Елизавета неуклонно твердила о своей девственности.
Тем не менее в истории существует один достаточно загадочный факт. В бумагах испанского министра Фрэнсиса Энгелфилда (долгие годы он являлся шпионом при английском дворе и в конечном итоге был выслан за пределы Англии) были найдены три письма, направленные им в 1587 г. испанскому королю. В них сообщалось, что на борту корабля, пришедшего в Испанию из Франции был арестован англичанин, которого заподозрили в шпионаже. Во время допроса он признался, что его имя Артур Дадли, и что он является незаконным сыном Роберта Дадли и английской королевы Елизаветы I. По его словам, он родился где-то между 1561 и 1562 гг., и сразу же после рождения, Кэтрин Эшли (няня королевы, которая была рядом с нею на протяжении всей жизни) отдала его на воспитание в семью Роберта Саузерна. Личным учителем Артура стал Джон Смит, близкий друг Саузерна. До самой смерти Саузерна Артур считал себя его сыном. Однако, на смертном одре Роберт Саузерн признался юноше в том, что он не являлся его отцом, и открыл ему тайну его рождения.
Эту версию в данный момент всячески поддерживает, доказывает и развивает английский учёный-историк Пол Дохерти. Косвенные доказательства данной теории, действительно, существуют. Среди них приводятся, например, то что, во многих письмах иностранных послов, работавших при английском дворе, достаточно часто и регулярно, встречаются упоминания о том, что приблизительно в 1561 г. королева заболела «скорей всего, водянкой», ибо её «невероятно раздуло, особенно в области живота». В сохранившихся письменных молитвах Елизаветы после 1562 г. начинают появляться слова, которых до того времени никогда не было, и которые не поддаются объяснению. Так, например, она просит Бога простить ей её грех (без какого бы то ни было указания на сам характер греха). Что именно имелось в виду королевой — неизвестно, однако время появления данных слов совпадает с временем предположительного рождения Артура. В британском государственном архиве хранится завещание Роберта Саузерна, на котором, в качестве свидетеля, расписался Джон Смит. То есть, данные люди — совершенно реальные исторические личности, поддерживавшие к тому же тесную связь друг с другом. Телекомпанией BBC (Великобритания) был снят документальный фильм «Тайная жизнь Елизаветы I», в котором подробно рассказывается как об этой истории, так и о всех найденных Дохерти доказательствах в поддержку своей гипотезы. Тем не менее, вопрос о подлинной личности Артура Дадли на сегодняшний день продолжает оставаться открытым.
Первый опыт ведения войны
В мае 1559 года в соседней Шотландии разразилось восстание протестантов против королевы-регентши Марии де Гиз — француженки, матери Марии Стюарт. Поддержать протестантов Шотландии советовал Елизавете Сесил, но она отказалась от этого шага, понимая, что подобное вмешательство может спровоцировать вооружённый конфликт с Францией, которая наводнила Шотландию своими войсками. Уже тогда, в самом начале правления, королева выработала свою, весьма осторожную, внешнюю политику.
Елизавета оказала шотландским протестантам материальную поддержку. Деньги были вывезены тайно, и никто не мог уличить королеву в пособничестве.
Однако в 1560 году Тайный Совет вынудил Елизавету начать интервенцию. Шотландские протестанты при поддержке английских войск разгромили сторонников Марии де Гиз, и 6 июля 1560 года в Эдинбурге был подписан договор, закрепивший эту победу. Англия и Франция вывели свои войска из Шотландии.
Мария де Гиз к этому времени умерла, и власть передавалась регентскому совету шотландских лордов-протестантов. Марии Стюарт (на тот момент супруге Франциска II) было предложено навсегда отказаться от включения в свой герб герба Англии, иначе говоря, никогда не предъявлять претензий на английскую корону. Однако Мария не ратифицировала Эдинбургский договор. Именно с этого момента началась многолетняя вражда двух королев.
5 декабря 1560 года супруг Марии Стюарт скончался, в 1561 году она вернулась в Эдинбург, чтобы принять корону Шотландии.