Начало биографии
Родился 18 декабря 1767 года в семье приходского священника Воронежской епархии. Его отец Алексей Андреевич служил в Ильинском храме Воронежа со дня его постройки, до своей кончины в 1776 году. С 10 лет Евфимий — сирота.
15 октября 1777 года был зачислен во второй синтаксический класс Воронежской духовной семинарии, с августа 1782 года до июня 1784 года — в риторический класс семинарии, с сентября 1784 года он — певчий архиерейского хора Благовещенского собора и семинарист в философском классе в слободе Бедогорье в Павловском уезде.
Священство, ранние исторические работы
В 1785 году по разрешению Воронежского епископа Тихона (III) уехал на учёбу в Московскую Славяно-греко-латинскую академию. В 1789 году окончил обучение в академии (окончил философский и богословский классы, обучался греческому и французскому языкам), во время обучения в духовной академии также слушал лекции по всеобщей философии и политике, опытной физике и французскому красноречию в Московском университете, тогда же он познакомился с учёным Н. Н. Бантыш-Каменским. По окончании обучения, с января 1789 был года учителем риторики и французского языка, с августа — вице-префектом духовной семинарии, а с сентября — заведующий библиотекой. С сентября 1790 года — префект семинарии, а также преподаватель богословия и философии.
4 ноября 1793 года женился на Анне Антоновне Расторгуевой. В марте 1795 года умер его первый сын — Андриан. В 1796 году рукоположён в протоиереи города Павловска в Воронежской губернии.
В Воронеже он начал работать над «Российской историей». Там же написаны работы «Надгробное слово над гробом епископа Иннокентия, с присовокуплением краткого летописца преосвященных воронежских» (1794), «Полное описание жизни преосвященного Тихона» и «Историческое, географическое и экономическое описание Воронежской губернии», под его руководством была написана «История воронежской семинарии».
В 1799 году, 9 июля умерла его дочь — Пульхерия, 3 августа Евфимий Алексеевич похоронил второго сына Николая, 21 августа — умерла его жена. В 1800 году переехал в Санкт-Петербург, где стал префектом Александро-Невской академии (3 марта) и принял монашество (9 марта), также там был учителем философии и красноречия.
11 марта 1800 года рукоположён в архимандриты Троицкого Зеленецкого монастыря.
27 января 1802 года поименован архимандритом Сергиевой пустыни.
В Санкт-Петербурге им написано «Историческое изображение Грузии» (как результат общения с грузинским епископом Варлаамом и грузинскими князьями Баграрой, Иоанном и Михаилом), «Каноническое исследование о папской власти в христианской церкви» (по поводу предложений иезуита Грубера Павлу I по воссоединению католической и православной церкви), «Записка с двумя духоборцами» и др.
Епископ. Деятельность в Новгороде
В 1804 году 1 января был высочайше пожалован, а 17 января хиротонисан во епископа Старорусского и викария Новгородского.
По поручению митрополита Новгородского Амвросия составил «Всеобщее хронологическое обозрение начала и распространения духовных российских училищ», — основу последующей реформы системы духовного образования в России. В Новгороде Евгений обнаружил Мстиславову грамоту — древнейшую русскую грамоту, данную князьями Мстиславом Владимировичем и сыном его Всеволодом Мстиславичем Юрьеву монастырю, написал «Исторические разговоры о древностях Великого Новгорода» (1808), «Рассмотрение исповедания духоборческой секты» и «Критические замечания на рецензию моравского дворянина Гаке де Гакенштейна».