Родился на Правобережной Украине в украинско-польской семье. Первые его работы на польском и русском языках относились к вопросу о первоначальных отношениях между Россией и Польшей. После восстания 1831 г. Духинский эмигрировал во Францию, был профессором польской школы в Париже, позднее хранителем польского музея в Рапперсвилле, в Швейцарии. Похоронен в Монморанси (Валь-д'Уаз, Франция).
Жена — Северина Духинска (1815—1905), польская писательница, член Soci?t? d'anthropologie de Paris и Soci?t? de g?ographie.
Его попытки создать новую теорию славянской этнографии доставили ему весьма широкую известность; самая теория эта одно время принималась как нечто твердо установленное значительной частью западноевропейской литературы (например, Анри Мартеном). В действительности, однако, теория Духинского представляла собою лишь стремление облечь в форму научной системы политические мечтания и чувства польской эмиграции. Основанием теории служит мысль, что великоруссы или, как называет их Духинский, «москали», не принадлежат к славянскому и даже к арийскому племени, а составляют отрасль племени туранского наравне с монголами и напрасно присваивают себе имя русских, которое принадлежит по справедливости только малоруссам и белоруссам, близким к полякам по своему происхождению. Самый язык, которым в настоящее время говорят «москали», есть искусственно заимствованный и испорченный ими язык церковнославянский, вытеснивший существовавший прежде какой-то народный туранский язык. В доказательство «туранства» великоруссов Духинский приводит автократическую форму правительства («парат»), несвойственную будто бы арийским племенам, существование у них «коммунизма», тогда как арийцев отличает индивидуальная собственность, склонность к кочеванию, будто бы существующую у великоруссов наравне со всеми туранцами, наконец, малое развитие среди великорусского племени городов и городской жизни. Естественная, по Духинскому, граница туранского племени — Днепр, Двина и «речки Финляндии».
Интерес арийской Европы требует восстановления славянского польского государства, которое охватило бы родственные племена малоруссов и белоруссов и послужило бы для Западной Европы оплотом от туранского могущества москалей. Учение Духинского, соответствовавшее укоренившейся тогда среди поляков идее об «избранничестве» польского народа, было принято большинством польской интеллигенции с восторгом, а люди, более сознательно относившиеся к вопросу, не всегда имели возможность высказать свое настоящее мнение.
В русской литературе теория Духинского встретила наиболее серьёзную критику в статьях Н. И. Костомарова («Основа», 1861, № 2, «Ответ на выходки газеты „Czas“ и журнала „Revue Contemporaine“», и «Основа» № 10, «Правда полякам о Руси»). Постепенно авторитет теории стал падать, и в самом польском обществе громче становились голоса критиков. В 1886 г. профессор Дерптского университета Бодуэн де Куртене издал в Кракове брошюру («Z роwodu jubileuszu profesora Duchi?skiego»), в которой отрицал за теорией Духинского всякое научное значение и признавал «празднование народом юбилея г. Духинского юбилеем хронического патриотического заблуждения». Русский пересказ этой брошюры с несколькими добавочными замечаниями сделал А. Н. Пыпин в статье «Тенденциозная этнография» («Вестник Европы», 1887, № 1).
