В 1963 совместно с Фредом Каммингсом предложил полностью квантовую модель эволюции двухуровневого атома в электромагнитном поле. Эта модель теперь известна как модель Джейнса-Каммингса.
Таким образом, Джейнс показал фундаментальную связь между теорией информации, статистической термодинамикой и квантовой механикой, что в дальнейшем привело к появлению понятия Цифровая физика.
Одним из направлений деятельности Джейнса являлось построение логических принципов, позволивших бы приписывать априорные вероятности распределениям вероятности (см принцип максимума энтропии, the principle of transformation groups. и Laplace's principle of indifference).
В своей последней книге, Probability Theory: The Logic of Science Джейнс собрал различные взгляды на байесовскую вероятность и статистические методы и противопоставил преимущества байесовского метода перед другими подходами. Эта книга была издана уже посмертно в 2003 Cambridge University Press на основании недописанной рукописи под редакцией Larry Bretthorst.
