До прихода к власти Джаявармана II страна не имела центральной власти и находилась в состоянии междоусобной раздробленности. Надписи в Сдок Как Томе сообщают нам, что в 802 г. н. э. на вершине Пном Кулен Джаяварман II дал указание жрецу-брахману по имени Хираньядама провести над ним религиозный обряд культа девараджи, после чего Джаяварман II становился чакравартин, «идеальным правителем вселенной». Обряд провозгласил его верховным правителем земель, что помогло ему в объединении страны.
Несмотря на ключевую роль в кхмерской истории, достоверных фактов о Джаявармане II известно немного. Надписей, относящихся к его времени не существует, однако есть письменные свидетельства, написанные значительно позже его смерти. Он, очевидно, был аристократического происхождения, и начал свои завоевания с юго-востока сегодняшней Камбоджи, где он захватил город Вьядхапура. Далее Джаяварман II отправился на северо-запад, подчиняя себе по пути различные владения и захватив Шамбхупуру. Позднее он обосновался в городе-государстве, известном как Прей Нокор, недалеко от сегодняшнего Кампонгтяма. Далее он двинулся к городу-государству на месте Ват Пху на территории современного южного Лаоса, а затем вдоль гор Дангрэк — в район Ангкора. Он пытался подчинить себе правителей к западу от Ангкора, но те оказали сопротивление, и Джаяварман II был вынужден укрыться на горе Кулен, в 50 км от Ангкора, где брахман Хираньядама провозгласил независимое государство и объявил Джаявармана чакравартином. Этот шаг помог Джаяварману II укрепить свой авторитет перед лицом сильного сопротивления местных правителей.
Обосновавшись в районе Ангкора, он правил не только в Харихаралайе к северу от озера Тонлесап, но и в месте, называемом в надписях Амарендрапурой. Точное местонаходжение Амарендрапуры неизвестно, однако некоторые историки полагают, что она находилась в западной части Западного Барая, 8-километрового священного резервуара, который был сооружен через два века после смерти Джаявармана II. Точно неизвестно, какие храмы были построены в его время, но некоторые историки предполагают, что к его правлению относится храм Прасат Ак Юм на южном крае Западного Барая, это кирпичная ступенчатая пирамида в сильно разрушенном состоянии. Этот храм является предшественником более поздних архитектурных форм Ангкора — храмов-гор.
Практически вся биография Джаявармана II описана на стеле в Сдок Как Томе, и датируется 1052 годом.
Умер в Харихаралайе в 850 году, ему было присвоено посмертное имя Парамешвара.
