Родился в 1786 году, сын профессора Московского университета Якова Губерти. В военную службу записан вахмистром в 1793 году в кавалерию.
Явился в строй накануне выступления русских войск в Австрию против французов и был зачислен прапорщиком в 8-й егерский полк. В рядах этого полка он принял участие в сражении при Аустерлице, в котором был ранен; за отличие произведён в поручики. Вслед за тем Губерти принимал участие в сражениях с французами в Восточной Пруссии и 22 мая 1807 года был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 771 по кавалерскому списку Судравского и № 1785 по списку Григоровича—Степанова)
В 1809 году Губерти был в походе на Дунае против турок.
В Отечественную войну 1812 года Губерти принимал участие во многих сражениях и за отличия был награждён орденом св. Владимира 4-й степени и прусским орденом «Pour le M?rite». Раненный в самом конце этой кампании он в Заграничном походе участия не принимал, оставшись в России на излечение.
В 1826 году вышел в отставку с чином подполковника, поселился в своём имении на Валдае, где скончался 5 февраля 1835 года.
Известный московский библиограф и коллекционер Н. В. Губерти приходился Якову Яковлевичу племянником.
