После окончания курсов медицины в Бонне и Гейдельберге в 1832 г., стал ассистентом Рудольфи в Берлине, а в 1834 г. — прозектором анатомии при Иоганне Мюллере. В течение последующих шести лет он опубликовал большое количество работ, включая три анатомические монографии новых видов животных, а также исследования структур лимфатической системы и эпителия в человеческом организме. В 1837 году стал приват-доцентом по микроскопической анатомии и патологии в Берлинском университете.
Уже в 1844 г. Генле уехал в Гейдельберг, где он изучал физиологию и патологию. В это время его увлекли исследования по общей анатомии, которые вошли в трактат Самуэля Томаса Зёммеринга, опубликованные в Лейпциге в период с 1841 по 1844 гг. Вместе со своим учителем Мюллером был напечатан зоологический очерк об акулах и скатах, а в 1846 г. на свет появился известное «Руководство о рациональной патологии», что явилось новой эпохой развития патологии как науки.
В 1849 г. стал директором анатомического театра.
В 1852 г. переехал в Гёттинген, где впоследствии и умер.
Открытия, связанные с его именем:
- Петля Генле
- Трубка Генле
- Крипта Генле: Микроскопический карман, находящийся в конъюнктиве глаза.
- Тельца Генле-Гассана: Прозрачные выросты на периферии радужной оболочки глаза.
