Детство и юность
Принадлежал к нилотскому народу динка. Родился в бедной деревенской христианской семье в Южном Судане. В возрасте 10 лет осиротел, окончил начальную школу благодаря помощи родственников.
В 17 лет стал партизаном, участвовал в первой суданской гражданской войне. Командование партизан отправило его вместе с другими сверстниками на учёбу в Танзанию, где Джон Гаранг закончил среднюю школу. Затем он был отправлен в США, где в 1969 году получил степень бакалавра экономики в Гриннельском колледже (штат Айова). Ему предложили продолжить получение образования в калифорнийском университете Беркли, но он предпочёл вернуться в Танзанию, где прошёл курс по сельскохозяйственной экономике в университете Дар-эс-Салама. Там он вступил в студенческую организацию Африканский революционный фронт. Завершив учёбу, Гаранг вернулся в Судан и вновь стал партизаном.
Карьера в суданской армии
В 1972 году первая гражданская война закончилась подписанием мирного соглашения, и Гаранг, как и многие партизаны, был принят в ряды суданской армии. Гаранг стал профессиональным военным и за 11 лет прошёл путь от капитана до полковника. Во время службы он прошёл обучение на курсах повышения квалификации пехотных офицеров в Форт-Беннинге (США). Также примерно в те же годы обучался в университете штата Айова, получив учёные степени магистра в сельскохозяйственной экономике и Ph.D. в экономике.
До 1983 года полковник Гаранг служил старшим преподавателем в военной академии Судана, затем получил назначение в штаб сухопутных войск.
Предводитель повстанцев
В 1983 году командование отправило полковника Гаранга в его родные края, где батальон суданской армии (состоявший из южан) отказался передислоцироваться на север страны. Однако сам Гаранг в тот момент уже участвовал в офицерском заговоре южан, частью плана которых был переход этого батальона на сторону антиправительственных повстанцев.
Гаранг принял командование батальоном и увёл его на территорию Эфиопии. В июле 1983 он сформировал из примерно трёх тысяч солдат, дезертировавших из суданской армии и перешедших в его подчинение, Суданскую народную освободительную армию (SPLA), с целью борьбы против исламского доминирования в стране. Гаранг призвал гарнизоны, размещённые на юге Судана, взбунтоваться против введения на юге исламских законов (шариата). Так началась вторая гражданская война в Судане.
Армия Гаранга получила поддержку от Эфиопии и Уганды. SPLA взяла под свой контроль обширные части на юге Судана, которые Гаранг стал именовать Новым Суданом. Он вдохновлял своих бойцов словами: «наша храбрость основывается на том, что мы сражаемся за правое дело, а этого нет у северного Судана».
Прекращение войны
SPLA и власти Судана подписали мирное соглашение 9 января 2005.
9 июля 2005 Джон Гаранг стал вице-президентом Судана, а также главой автономной администрации Южного Судана на 6-летний период, который предварял референдум о независимости Южного Судана.
Гибель
30 июля 2005 года Гаранг возвращался на вертолёте из Уганды, где он встречался с президентом Мусевени. Как официально объявили власти Судана — «в условиях плохой видимости вертолёт разбился в горном районе южного Судана, все находившиеся на борту погибли». Был похоронен в столице Южного Судана — Джубе.
