Родился в провинции Бургойн (фр. Burgoyne), Франция, в ноябре 1900 года. В начале 1920-х годов закончил техническую школу. Был нанят к качестве инженера по пневматическим установкам высокого давления фирмой Air Liquide.
Первое устройство для подводного плавания на основе изобретённого Ганьяном и Кусто регулятора — Scaphandre Autonome (или Aqualung — по названию фирмы-производителя) — было выпущено в 1946 году во Франции. Спустя год Эмиль Ганьян с семьёй эмигрировал в Монреаль (Канада), где поступил на работу в компанию Canadian Liquid Air Ltd. Там он обустроил лабораторию и продолжил заниматься разработкой оборудования для дайвинга. Им было изобретено большое количество современных технологий для подводного плавания, включая самые современные аппараты.
