Родился в селе Бру в Вестманланде, в семье сельского священника; в 1640 стал студентом Уппсальского университета, где стал известен, благодаря своему искусству красноречиво изъясняться на латыни. В 1653 получил степень магистра в Оксфордском университете и по возвращении в Швецию стал преподавателем риторики в гимназии Стокгольма; почти сразу же он стал библиотекарем и архивариусом у Акселя Оксеншерны. Работая в богатом собрании документов XVI-XVII вв., Видекинд увлёкся историческими исследованиями и задумал написать книгу, посвященную истории отношений Польши и Швеции. Король Карл X в 1659 одобрил замысел, но вскоре умер, и эта книга осталась ненаписанной.
Ещё в 1665 Видекинд по протекции риксканцлера Магнуса Делагарди стал королевским историографом и несколько лет занимался генеалогическими таблицами. Тогда же он начал писать книгу, подробно излагающую «славные деяния» отца своего покровителя — Якоба Делагарди, а также высказал желание написать «Историю Швеции», от смерти Густава Васы до современных (ему) дней, получив в ответ королевский заказ написать историю Швеции времён династии Васа.
«История шведско-московитской войны XVII века» вышла в двух изданиях: в 1671 на шведском — «Thet svenska i Ryssland tijo ?hrs krijgs historie», а в 1672 на латинском — «Historia belli sveco-moscovitici». В ней освещаются события, приведшие к участию Швеции в событиях Смутного времени в России, поход Делагарди, ход военной интервенции 1610—1617, и мирные переговоры, в результате которых был заключен Столбовский мир; также в книге описывается выполнение сторонами условий мирного договора и дополнительные переговоры об установлении границ (вплоть до 1621).
В 1675 Видекинд стал жертвой противостояния в парламенте партий Делагарди и Юлленшерны — был арестован комиссией по изучению регентского правления по обвинению в «связях с антиправительственной оппозицией» и провел в тюрьме 2 месяца. Заключение сильно подорвало его здоровье, и в 1678 Юхан Видекинд умер.
Первая часть второго труда Видекинда — «Истории Густава II Адольфа» вышла только после его смерти в 1691. Книга содержала враждебные выпады против Дании и России, послы этих стран заявили протест, и почти весь тираж был конфискован — было продано только 87 экземпляров. Кроме того, шведские цензоры критиковали Видекинда за его трактовку событий, публикацию важных документов, то есть за то, что он
Рукопись второй части книги исчезла, по некоторым сведениям из страны её вывез другой королевский историограф Самюэль Пуфендорф.
