Веньер родился примерно в 1496 году в семье Мозе Веньер и Елены Дона.
С раннего возраста, не имея степени он начал работать адвокатом. Впоследствии Веньер стал администратором в правительстве Венецианской республики. В 1570 году его назначили прокуратором, а несколько позже в том же году командующим флотом Венеции в новой войне против Оттоманской империи. Он стал одним из героев в сражении при Лепанто в 1571 году, в котором Священная Лига нанесла серьёзное поражение туркам.
В Венецию Веньер вернулся на пике популярности и 11 июня 1577 года Себастьяно Веньера выбирают дожем. На тот момент ему исполнился 81 год.
