В русской прессе и среди образованного духовенства имел репутацию «распутинца», то есть ставленника Григория Распутина — наряду с рядом других иерархов, также смещённых с кафедр сразу после падения монархии в России. В 1915 году приобрёл скандальную известность в связи с делом о канонизации Ионна Максимовича.
Биография
Родился в семье крестьянина, обучался только в Петрозаводском городском училище.
С молодых лет чурался «мирских развлечений», был пламенным ревнителем православия, хорошо начитанным в святоотеческих творениях, любимцем приходского духовенства, «возлюбленным чадом» церкви у местных олонецких архипастырей.
36-и лет поступил послушником Клименецкого монастыря Олонецкой епархии. 13 июля 1897 года принял монашеский постриг в Клименецком монастыре с именем Варнава; 11 апреля 1898 года году рукоположён во иеродиакона епископом Павлом (Доброхотовым); 12 апреля того же года — во иеромонаха.
С 11 февраля 1899 года — управляющий Клименецким монастырём; с 30 сентября того же года — настоятель Клименецкого монастыря.
18 июня 1904 года возведён в сан игумена; с 18 февраля 1905 года — настоятель второклассного Палеостровского монастыря, с возведением в сана архимандрита (13 марта 1905). 16 марта 1905 года — благочинный Клименецкого монастыря.
6 марта 1908 года, по ходатайству митрополита Московского Владимира (Богоявленского), назначен на должность настоятеля Коломенского Ново-Голутвинского монастыря; чрез 2 года перемещён в первоклассный Старо-Голутвинский монастырь.
Происхождение Варнавы из простого народа позволяло ему вести простые задушевные беседы с народом как в храме, так и вне, что стало причиной его популярности как в Коломне, так и в Москве. Горожане Коломны даже пошли к митр. Московскому и в Святейший Синод с ходатайством об открытии новой викариатской кафедры епископа Коломенского с возведением в этот сан архимандрита Варнавы.
12 августа 1911 года состоялось Высочайшее повеление о бытии ему епископом Каргопольским, викарием Олонецкой епархии, и управляющим Спасо-Преображенским в городе Каргополе монастырём; местопребывание его назначалось в Спасском монастыре Каргополя. 28 августа того же года в Успенском соборе Московского Кремля сонмом архиереев во главе с митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским) хиротонисан во епископа.
Прибыл в Каргополь в воскресенье, 2 октября 1911 года; «посему был братский обмен приветствиями между архипастырями» (епархиальным архиереем был епископ Олонии Никанор (Надеждин)). Епархиальный орган печати отмечал по поводу учреждения 12 августа 1911 года Каргопольского викариатства: «Нельзя сказать, чтобы это учреждение вызывалось здесь обилием бумажного делопроизводства и сложностию епархиального управления. <…> но всё же служения, поучения, беседы, собрания, поездки викария вполне возможны и полезны. Если, к тому же принять во внимание и личность Пр. Варнавы, как известного высшим кругам и благотворителям столиц, как благоустроителя обителей и любителя церковной уставности богослужений, то нельзя не порадоваться за Олонию и за г. Каргополь. Слава Богу, что Государь даровал нам викариатство ранее многих других епархий.»
13 ноября 1913 года переведён на Тобольскую кафедру; 3 декабря того же года был принят императором Николаем II в Ливадии.
Находясь на тобольской кафедре, возбудил ходатайство пред Святейшим Синодом о прославлении бывшего митрополита Тобольского Иоанна Максимовича в лике святых. До официальной канонизации 5 октября 1916 года, 27 августа 1915 года совершил молебное пение (имея Высочайшую телеграмму, противоречиво гласившую: «Пропеть величание можно, прославить нельзя»), поминая «Иоанна» как святого, что повлекло разбирательство дела в Святейшем Синоде. Во время допроса в Синоде резко разговаривал с обер-прокурором Александром Самариным; Синод в сентябре 1915 года постановил уволить его от управления епархией. Император Николай II, по настоянию своей супруги, которая якобы требовала (по словам Шавельского Г. И.) карательных действия в отношении всех членов Синода, настроенных против Григория Распутина, а также увольнения обер-прокурора Самарина, отказался утвердить синодальное определение о нём, в ответ на что Самарин был вынужден подать в отставку.
