Вскоре после своего вступления в должность Бойе начал писать «Герпетологию Явы», опираясь при этом на экземпляры из коллекции Карла Райнвардта (1773—1854), Генриха Куля (1797—1821) и Иоганна Конрада ван Гассельта (1797—1823), все члены комиссии естествознания Голландской Ост-Индии.
После смерти Куля Бойе был избран заменить его на Яве. Там он умер от болезни. Он уже закончил свою «Герпетологию» перед своим отъездом, однако не опубликовал. Она была опубликована в 1826 году его последователем Германом Шлегелем в виде выдержки. Кроме того, Шлегель опубликовал письма Бойе, в которых он описал новые виды. Брат Генриха Фридрих Бойе позаботился также о том, чтобы после его смерти появилось несколько статей.
