Одесский революционер
По данным, сообщенным ЧК в 1918 году самим Блюмкиным, он родился 8 октября 1900 года в Одессе, на Молдаванке, по другим, сообщенным им же после ареста в 1929 году, родился он в местечке Сосница, близ Чернигова, в 1898 году. В соответствии с первой версией, Яков Блюмкин происходил из одесской пролетарской семьи. В 1913 закончил еврейскую начальную школу, которой руководил известный писатель — «дедушка еврейской литературы» Менделе Мойхер-Сфорим. Обучение в школе было бесплатным, за счёт иудейской общины. Там получил начатки в древнееврейском и русском языках.
Однако существуют сведения, что Блюмкин со своей семьей до июля 1915 года жил в Лемберге (ныне — Львов), где учился в немецкой гимназии. После взятия Лемберга русскими войсками в сентябре 1914 года его отец Григорий Исаевич поступил на русскую службу, а после ухода русских из Львова в июле 1915 ушёл вместе с ними.
В 1914 году работал электромонтёром, в трамвайном депо, театре, на консервной фабрике братьев Аврич и Израильсона. Брат Лев был анархистом, а сестра Роза социал-демократкой. Старшие братья Якова — Исай и Лев были журналистами одесских газет, а брат Натан получил признание как драматург (псевдоним «Базилевский»). Участвовал в отрядах еврейской самообороны против погромов в Одессе. Блюмкин вступил в партию социалистов-революционеров. Как агитатор «по выборам в Учредительное собрание» он в августе — октябре 1917 года побывал в Поволжье.
В Одессе Блюмкин знакомится ещё с поэтом А. Эрдманом, членом «Союза защиты родины и свободы» и английским шпионом. Возможно, Эрдман и устроил дальнейшую карьеру Блюмкина в ЧК. Уже в апреле 1918-го Эрдман под видом лидера литовских анархистов Бирзе ставит под свой контроль часть вооружённых анархистских отрядов Москвы и одновременно работает для ЧК, собирая информацию о немецком влиянии в России для стран Антанты.
Москва: Первые чекисты
В мае 1918 приехал из Одессы в Москву. Руководство Партии левых эсеров направило Блюмкина в ВЧК заведующим отдела по борьбе с международным шпионажем. С июня 1918 года— заведующий отделением контрразведывательного отдела по наблюдению за охраной посольств и их возможной преступной деятельностью. В основном Блюмкин занимался «немецкими шпионами».
Убийство Мирбаха
Находясь в должности начальника «германского» отдела ВЧК, Блюмкин 6 июля 1918 явился в посольство Германии якобы для обсуждения судьбы дальнего родственника посла графа фон Мирбаха, которого арестовала ЧК. Его сопровождал сотрудник того же отдела ЧК, Николай Андреев. Около 14:40 Блюмкин несколько раз выстрелил в посла, а Андреев, убегая, кинул в гостиную две бомбы. Посол погиб на месте. Преступники скрылись. Убийство Мирбаха послужило сигналом для вооружённого выступления левых эсеров против Советского правительства во главе с большевиками. В советской историографии эти события было принято называть «восстанием левых эсеров».
В беседе с женой Луначарского — Натальей Луначарской-Розенель и с её двоюродной сестрой Татьяной Сац, Блюмкин признался, что о плане покушения на Мирбаха знали и Дзержинский, и Ленин, никаких других исторических свидетельств этому «признанию» нет.
За убийство Мирбаха Блюмкин был приговорен военным трибуналом к расстрелу. Но Троцкий добился, чтобы смертную казнь заменили на «искупление вины в боях по защите революции», взял его к себе в штаб, где Блюмкин провёл всю гражданскую войну начальником личной охраны наркомвоенмора. Затем своим шефом он был направлен на учёбу, после которой вновь был переведен в органы ГПУ.