Перед Формулой-1
Ямамото начал свою карьеру в 1994 в гоночной школе Судзука (Картинг) и продвигался вперёд по карьерной лестнице и стал третьим/тест-пилотом команды Формулы-1 Jordan на единственном уик-энде в (Японии) сезона 2005 Формула-1.
Формула-1
2006: Super Aguri
8 июня 2006 года Сакон Ямамото присоединился к команде Super Aguri, в качестве тест-пилота и третьего гонщика, помогая Такуме Сато и Франку Монтаньи на пятничных сессиях свободных заездов. Ямамото заменил Монтаньи за рулём второго болида на Гран-при Германии в Хоккенхайме. Он не наслаждался особо успешным началом к своей карьере, однако, из-за механических проблем и заглохшего двигателя он проехал всего один круг за две гонки. Также он повредил одно из новых шасси команды SA06, во время свободной практики на Гран-при Германии. Его развернуло на двадцатом круге третьей гонки в Турции, что стало разочарованием после того как он впервые обошёл Сато в квалификации.
На Гран-при Италии Ямамото страдал от проблемы преследовавший большинство пилотов в квалификации, расслаивания шин и попал в аварию, из-за этого он стартовал с последнего места на стартовой решётке. Позже в квалификации, Фернандо Алонсо проколол шину на осколках болида от этой аварии, которое привело к штрафу за блокировку Фелипе Массы и отбросило его с пятого на десятое место на стартовой решётке. Во время гонки Ямамото столкнулся с гидравлическими проблемами и стартовал с пит-лейн, в конечном счёте он сошёл, когда гонку продолжать было невозможно.
На Гран-при Китая Сакон впервые в карьере финишировал, хотя и в четырёх кругах от лидера и на шестнадцатом месте. После гонки с японцем произошёл курьезный инцидент. Партнёр Сакона, другой японец Такума Сато стал виновником аварии, которая отбросила Ника Хайдфельда с четвёртого на седьмое место. После гонки Ник отправился в боксы Super Aguri выяснять отношения с Сато. Встретив Ямамото, который внешне похож на Сато и одет в такую же форму, Хайдфельд принял его за обидчика и начал высказывать свои обвинения, а Сакон, плохо владеющий английским, не мог понять, что от него хотят. За это недоразумение Хайдфельд поздне извинился перед Саконом.
Ямамото завершил сезон решительно и три раза подряд финишировал, улучшив свою форму после схода в четырёх первых Гран-при. Также он установил седьмой по скорости быстрый круг и второе быстрейшее время на втором секторе на Гран-при Бразилии 2006 года. Однако, этого было недостаточно и его место досталось Энтони Дэвидсону на сезон 2007 года. Однако он остался тест-пилотом Super Aguri. Он совмещал это с выступлением в сезоне 2007 GP2 за команду BCN Competicion.
2007: Spyker F1
С увольнением Кристиана Альберса из команды Spyker F1 после Гран-при Великобритании 2007 года, освободилось его место на стартовой решётке. 26 июля 2007 года после того как Маркус Винкельхок принял участие в Гран-при Европы 2007 года, в Spyker подтвердили о найме Ямамото из Super Aguri на оставшуюся часть сезона 2007 Формулы-1. Во время своего первого Гран-при за Spyker на Венгрии он сошёл на четвёртом круге после аварии. После этого он во всех гонках финишировал на последней позиции, исключая Гран-при Японии, где он финишировал впереди Ярно Трулли и Гран-при Бразилии, где в него врезался Джанкарло Физикела на первых кругах гонки. После сезона команду с Ямамото больше ничего не связывало.
Renault F1
4 февраля 2007 года было объявлено что Сакон станет одним из тест-пилотов ING Renault F1. Но согласно пресс-релизу, он будет участвовать лишь только в уличных шоу, а не в тестах на трассах, в отличие от Лукаса Ди Грасси и Ромэна Грожана которые были объявлены на презентации Renault R28, в то время как Сакон был объявлен неделей позднее. Sanho Human Service спонсировала Spyker F1 когда Ямамото был объявлен пилотом, а когда была презентация R28, Sanho Human Service стала спонсором Renault. Sanho является личным спонсором Сакона.