Получив Финляндию в качестве наследственного герцогства, Юхан против воли отца приступил к активной самостоятельной политике. Приобретение Ревеля и Эзеля — владений распавшегося Ливонского ордена — позволило бы Юхану контролировать в значительной мере торговлю Запада с Россией. На почве противоречий с отцом Юхан на некоторое время сблизился со старшим братом Эриком, по поручению которого ездил в Англию вести переговоры о браке Эрика с наследницей английского трона Елизаветой. Когда Эрик стал королём, отношения между братьями стали напряжёнными, так как Эрик сам вынашивал планы по контролю над «русской торговлей».
Юхан, недовольный политикой брата, вступил в отношения с Сигизмундом Августом, королём враждебной Польши, женился на его сестре Катерине Ягеллонке и ссудил ему крупную сумму денег, в залог которой получил семь замков в Ливонии. Шведский риксдаг обвинил Юхана в измене и в 1563 приговорил к смерти — герцог был пленён войсками Эрика и заключён в замок Грипсхольм. Заключение, довольно мягкое, добровольно разделила с ним Катарина. Значительную часть своего заключения Юхан посвящал богословским занятиям, особенно чтению творений Отцов Церкви.
В 1567 в период обострения душевной болезни Эрика после убийства аристократов из дома Стуре и ослабления королевской власти, Юхан был освобождён. В 1568, когда Эрик оправился от болезни и стал возвращаться к старой политике, Юхан и младший брат Карл возглавили восстание против него. Эрик был низложен, а Юхан в 1569 провозглашён королём. При этом дворянству и особенно аристократии были предоставлены широкие привилегии.
На момент восшествия на престол Швеция находилась в состоянии войны с Данией, Польшей и Любеком (Северная семилетняя война). С Польшей война закончилась естественным образом; в 1570 при посредничестве германского императора и Франции был подписан мир с Любеком, Дании Швеция обязывалась уплатить 150 тыс. далеров, но отношения с ней оставались напряжёнными, хотя войны до конца правления Юхана удавалось избегать.
На востоке соперником Швеции была Россия, стремившаяся выйти к берегам Балтики. Политические противоречия усиливались личной неприязнью Юхана и Ивана Грозного. Иван Грозный в 1572 начал военные действия против шведов, и к 1575 в их руках оставался только Ревель. В начале 1580-х под командованием Понтуса Делагарди шведы захватили всю Эстонию и часть Ингерманландии (Ижорской земли), которую однако им пришлось оставить. Таким образом, шведы завладели Нарвой, однако своих целей не добились, так как товарные потоки были направлены через Северную Двину и гавани, контролировавшиеся Польшей. Поэтому на следующем этапе боевых действий (1590-е) шведы стремились завладеть побережьем Белого моря. Этого однако добиться не удалось и заключённый в 1595 Тявзинский мир с Россией к определённым результатам не привёл.
