Родился в Гельсингфорсе в семье бургомистра. 1 августа 1817 года зачислен во флот гардемарином и на шлюпе «Камчатка» перешёл в Русскую Америку. В Новоархангельске в июле 1818 года перешёл на службу в Российско-Американскую компанию. Участвовал в астрономическом определении положения островов Беринга, Медного, Атту, Семёнова (Тяхкинак) и Ситхинак. На острове Кадьяк выполнил съемку бухты Чиниак, откорректировал описи Юрия Лисянского.
В 1819—1824 гг, командуя катером «Баранов» и бригом «Байкал», доставил зерно бедствовавшим жителям форта Росс. На фрегате «Крейсер» 5 августа 1825 года возвратился в Кронштадт. 1 марта 1826 года вновь поступил на службу в русско-американскую компанию и выехал через Сибирь в Охотск, а оттуда на компанейском бриге «Охотск» 22 сентября прибыл в Новоархангельск. Командуя бригом «Чичагов» и шлюпом «Байкал», плавал в Беринговом, Охотском морях и Тихом океане.
В 1828 году основал на острове Уруп русскую факторию. В 1833 исследовал побережье залива Аляска, плавал до Охотска с посещением островов Уналашка и Атха. Там заведовал постройкой компанейского брига «Ситха», который привел в Русскую Америку. В 1836 посетил Чили. 23 ноября 1838 года произведен в капитаны 2 ранга с назначением главным правителем Русской Америки, 1 мая 1840 прибыл в Новоархангельск.
Во время правления Этолина продолжалось изучение Аляски, Алеутских островов, устья реки Анадырь и залива Аян. Основаны новые фактории, перестроен пост в Нулато на реке Юкон, проведена экспедиция лейтенанта Л. А. Загоскина. Этолин учредил ежегодную ярмарку и школу для индейцев-тлинкитов в Новоархангельске, ограничил распространение спиртных напитков.
16 мая 1845 года сдал дела и «Наследник Александр» перешёл в Охотск. Там Этолин встретился со своим преемником М. Д. Тебеньковым, официально передав ему дела по управлению колонией. Прибыл в Санкт-Петербург в начале 1846 года, избран одним из директоров Главного Правления Российско-Американской компании.
Именем Этолина названы мыс, залив и пролив у острова Нунивак, улица в городе Ситка и мыс на острове Уруп.
