В 1968—1975 — секретарь парламентской группы Австрийской Народной партии. 24 апреля 1989 стал министром экономических дел в коалиционном правительстве АНП и СПА, возглавляемом лидером СПА Францем Враницким. 22 апреля 1995 Шюссель был избран лидером АНП, и 4 мая стал вице-канцлером и министром иностранных дел, сохранив эти посты и в последующем правительстве Виктора Климы. После парламентских выборов, прошедших в 1999, Шюссель сформировал правительство с националистической АПС, возглавляемой Йоргом Хайдером, что вызвало широкий резонанс в Европе, и в 2000 стал первым канцлером от АНП за 30 лет.
По итогам прошедших в 2003 разгромных для АПС парламентских выборов АНП упрочила свои позиции в правительстве. После раскола АПС в апреле 2005 Шюссель сформировал правительство с хайдеровской BZ?. В 2006 в стране состоялись очередные парламентские выборы, а 31 декабря того же года умерла министр внутренних дел Лизе Прокоп, в результате чего 3 января 2007 Шюссель был приведён к присяге как её преемник. 11 января было сформировано правительство большой коалиции СПА и АНП, руководимое социалистом Альфредом Гузенбауэром. Шюссель в том же году ушёл в отставку с поста лидера АНП, и его преемником и новым вице-канцлером стал Вильгельм Мольтерер. Шюссель остался депутатом Национального совета, где с 2006 руководит парламентской группой АНП.
В первой половине 2006 Шюссель являлся председателем ЕС.
