В 1993 оказался в центре скандала, когда вице-президент Александр Руцкой обвинил его в коррупции в связи с продажей предприятия, производившего детское питание. В ответ Шумейко обвинил в коррупции самого Руцкого. В начале сентября 1993 Ельцин временно отстранил обоих от должности (хотя действовавшая Конституция нормы об отстранении вице-президента президентом не содержала), а вскоре произошли октябрьские события 1993 года.
После расстрела Белого дома был назначен Министром печати и информации Российской Федерации. 14 октября 1993 года подписал приказ № 199 о запрете оппозиционных СМИ. В приказе говорилось:
Через два месяца после этого, в декабре 1993, Шумейко был избран от Калининградской области членом Совета Федерации РФ, а в январе 1994 стал его первым председателем. На этом посту проявлял значительную политическую активность, выступив с несколькими громкими заявлениями.
Был также первым председателем Межпарламентской ассамблеи стран СНГ (этот пост занимали и оба его преемника, Егор Строев и Сергей Миронов). Выступил инициатором подписания Бишкекского протокола (1994), призывающего прекратить огонь в Нагорном Карабахе. Имя Шумейко и в этот период фигурировало в нескольких финансовых скандалах. После изменения в конце 1995 принципов формирования Совета Федерации (который стал по должности состоять из губернаторов и председателей региональных дум) Шумейко перестал быть его членом и сложил председательские полномочия в начале 1996.
В дальнейшем он создал собственное общественное движение «Реформы — Новый курс» с неясной программой, а о своих перспективах в правительстве сказал в одном из интервью словами из «Мастера и Маргариты»: «никогда и ничего не просите! Никогда и ничего, и в особенности у тех, кто сильнее вас. Сами предложат и сами всё дадут!» Никакого поста Шумейко, однако, не получил.
В 1998-начале 2000-х председатель совета директоров совместного предприятия «Эвихон», разрабатывавшего совместно с известной корпорацией Shell (Шумейко сотрудничал с ней ещё с 1991) нефтяные месторождения Салыма. В 2005 Шумейко допрашивался Генеральной прокуратурой РФ по поводу продажи известному олигарху Михаилу Фридману государственной дачи «Сосновка-3» в 2002 году в полную собственность, в чём принимала участие компания «Эвихон», к тому времени возглавляемая Фридманом (сам Шумейко живёт на соседней госдаче «Сосновка-1»).
В апреле 2007 года назначен директором Государственного учреждения Калининградской области «Представительство Калининградской области в городе Москве».
Награды
- Орден «За заслуги перед Калининградской областью» (5 марта 2010 года) — за особые заслуги перед Калининградской областью
