С 1984 по 1989 годы был федеральным министром по особым поручениям, с 1989 по 1991 годы занимал пост министра внутренних дел. С 1991 по 2000 годы руководил фракцией ХДС/ХСС в бундестаге, с 1998 по 2000 годы одновременно находился на посту председателя партии ХДС. В связи со скандалом о незаконных пожертвованиях на счета партии был вынужден оставить эту должность и уступить её Ангеле Меркель.
12 октября 1990 года на Вольфганга Шойбле в городке Оппенау было совершено покушение. От выстрела психического больного Шойбле получил тяжёлое ранение и был парализован. В настоящее время передвигается в инвалидной коляске.
В 2009 году на немецкоязычном форуме для исламистов была высказана угроза физического уничтожения Вольфганга Шойбле.
В связи с результатарми всеобщих выборов 27 сентября 2009 года, ХДС/ХСС и СвДП получили возможность сформировать коалиционное правительство. В новом правительстве Ангелы Меркель Вольфганг Шойбле будет исполнять обязанности министра финансов.
