Учился в гимназиях в Готе и Йене, окончил Гёттингенский университет (1787) как филолог. Преподавал в гимназии Готы немецкий, латинский и древнееврейский языки, с 1788 г. работал также в герцогской библиотеке, занимаясь её каталогизированием, в 1802 г. официально получил должность библиотекаря. Одновременно с 1799 г. сотрудник готского Мюнцкабинета, в этом качестве редактировал два первых выпуска «Анналов общей нумизматики» (нем. «Annalen der gesamten Numismatik»; 1804—1806). В 1790—1806 гг. выпускал ежегодные сборники «Некрологи немцев» (нем. Nekrolog der Deutschen), включавшие биографические очерки о наиболее выдающихся личностях, скончавшихся в очередном году; в составе выпуска за 1791 г. Шлихтегролем, в частности, была опубликована первая биография Вольфганга Амадея Моцарта, основанная преимущественно на сведениях сестры композитора Марии Анны, сообщённых ею письменно по просьбе Шлихтегроля.
В 1807 г. Шлихтегроль был назначен генеральным секретарём Баварской академии наук, в связи с чем переехал в Мюнхен, а в 1812 г. занял пост президента академии. В 1813 г. он был произведён в дворянство.
