В 1856 году стал капитан-лейтенантом корабля-транспорта «Японец». В конце 1856 года стал командиром парохода-корвета «Америка», которым командовал до 1863 года и проводил гидрографические работы на южном побережье Уссурийского края (современная территория Приморского края и Залива Петра Великого). Экипажем «Америки» был основан гидрографический пост на месте современного города Находка.
6 июня 1864 года назначен помощником капитана, а со 2 октября 1864 года — капитан над портами Восточного океана. С 1868 года Шкот стал капитаном 1-го ранга. В 1870 году тяжёлая болезнь заставила Шкота прекратить активную деятельность. Он уехал в Санкт-Петербург, где вскоре скончался.
Н. Я. Шкот — один из основателей Владивостока, начальник южной гавани.
В честь Н. Я. Шкота названы село Шкотово, остров Шкота, полуостров Шкота, река Шкотовка, район Приморского края, а также мыс недалеко от Ольги.
