После восстания 1772 года был помилован за спасение жизни тяжелораненного капитана гвардии Дурново, командира отряда, прибывшего вместе с генералом Траубенбергом. Шигаев уговорил казаков пожалеть уже раненого капитана. Тем не менее стал одним из первых казаков, «признавших» в беглом казаке царя «Петра Федоровича», одним из главных сподвижников Пугачёва, получив титул «графа Воронцова». Руководил крупными соединениями пугачёвцев, командовал осадой Оренбурга, 2 апреля 1774 года после поражения, нанесённого князем Голицыным близ Сакмарского городка, был пленён и отконвоирован в Москву, где производилось генеральное следствие над Пугачёвым и его сподвижниками.
По приговору от 9 января 1775 года он вместе с Е. И. Пугачёвым, А. П. Перфильевым, Чикой-Зарубиным, Т. И. Подуровым и В. И. Торновым был осуждён на смертную казнь. Повешен 10 января в Москве.
