Биография
Родился 7 января 1779 в Мюннерштадте (Франкония). Изучал фармакологию в Вюрцбурге. В январе 1808 получил звание доктора медицины и в том же году эмигрировал с женой в Россию. Сначала был военным медиком в Санкт-Петербурге, в 1812 переехал в Москву. За свои заслуги был пожалован титулом барона. По некоторым сведениям, был магистром Ордена масонов.
Помимо медицинской практики много времени уделял изучению ботаники и минералов.
В 1813 принял участие в морской экспедиции на Аляску на военном шлюпе «Суворов». На Аляске был списан с борта корабля как «лицо, нетерпимое на судне».
Гавайи
31 января 1815 года судно Русско-американской компании «Беринг» (купленное у американцев судно «Атауальпа») зашло в гавань Ваймеа на острове Кауаи для пополнения запасов воды и продовольствия. Во время стоянки неожиданно губернатор Кауаи Каумуалии объявил о конфискации судна и груза на сумму 100000 рублей.
В ответ на это, руководитель Русско-Американской компании А. А. Баранов тут же послал на выручку вооружённую экспедицию на корабле «Открытие». Вначале Шеффер прибыл на Оаху, где его дружелюбно встретил король Камехамеха. Шеффер лечил королевскую семью, но постепенно король стал подозревать его в не совсем честных намерениях. Шеффер направился к Кауаи, приготовившись силой освободить корабль. Но оружия не потребовалось, король Каумулали был готов вернуть корабль и груз. Король искал могущественного покровителя в его желании быть независимым от Камехамеха и решил использовать в этом качестве Россию. Это полностью совпадало и с намерениями Шеффера завладеть островом и использовать его как промежуточный порт для кораблей Российско-Американской компании. В течение нескольких месяцев Шеффер утверждал русское присутствие на Кауаи и в результате получил королевский подарок — долину Ханалеи на севере острова, которую он переименовал в Шефферталь, а реку Ханапепе — в Дон .
Под руководством доктора в 1816 году были построены три форта: форт Елизавета, форт Александр и форт Барклай. В 1817 году в марте месяце к острову приплыли пять кораблей с вооруженными американцами и туземцами и разгромили все русские фактории и плантации, а российских подданных посадили на один из русских кораблей и заставили отплыть.
Прибыв в Санкт-Петербург, Шеффер представил правительству план оккупации Россией одного из Гавайских островов. Его поддержала Российско-Американская компания, но царь отклонил проект.
Бразилия
В сентябре 1822 был отправлен в Европу с поручением о вербовке немецких солдат и новых поселенцев. Эта миссия положила начало массовой немецкой иммиграции в Бразилию, недавно провозгласившую свою независимость от Португалии. В июле 1828 Шеффер вернулся в Бразилию и ходатайствовал перед императором о предоставлении ему титула виконта Франкенталь Жакаранда, но получил отказ и лишь денежное вознаграждение за свои труды в Европе. Спустя некоторое время вновь прибыл в Европу. В 1829 добивался (безуспешно) своего назначения на должность бразильского посла в Германии.
Умер в неизвестности, предположительно в 1836, в основанной им колонии Франкенталь.
