После окончания Императорской Военно-медицинской академии в 1895 году (диплом с отличием и похвальный лист) оставлен для усовершенствования в госпитальной хирургической клинике профессора В. А. Ратимова.
В 1898 году защитил диссертацию на степень доктора медицины «Современное лечение косолапости». После заграничной командировки и нескольких лет работы в клинике занимался разработкой вопросов топографической анатомии и обоснований хирургической техники новых направлений в хирургии (нейрохирургии, урологии). Долгие годы (1912—1948) возглавлял кафедру оперативной хирургии и топографической анатомии ВМА.
С 1948 года — профессор-консультант ВМА. Одновременно (1928—1941) заведовал кафедой оперативной хирургии Ленинградского ГИДУВа.
Накануне Октябрьской революции 1917 г. и во время Гражданской войны входил в состав управления Северного района Российского Общества Красного Креста. В годы Великой Отечественной войны был главным консультантом ГВСУ КА.
Научная деятельность В. Н. Шевкуненко посвящена вопросам типовой и возрастной анатомии человека. Практическим результатом учения В. Н. Шевкуненко стало обоснование ряда оперативных доступов к различным органам, разработанных им и его учениками с учетом типовых, половых и возрастных топографо- анатомических особенностей человека. Он установил существование крайних форм в строении органов и объяснил их происхождение с эволюционных позиций. В. Н. Шевкуненко и его ученики внесли большой вклад в изучение венозной и периферической нервной систем. Известны его работы по иннервации органов пищеварительной системы, ортопедии. Сталинскую премию первой степени получил за «Атлас периферической нервной и венозной систем».
В. Н. Шевкуненко один из основателей АМН СССР, член правления Всесоюзного научного общества анатомов, гистологов и эмбриологов, член правления Всесоюзного научного общества хирургов, почетный член Хирургического общества Пирогова.
Автор 50 научных трудов, в том числе первого отечественного капитального руководства по оперативной хирургии (в трех томах) и руководства по топографической анатомии, редактор раздела «Хирургия» 1-го издания БМЭ, заместитель главного редактора «Энциклопедического словаря военной медицины». Под его редакцией вышел «Краткий курс оперативной хирургии с топографической анатомией» (1951), переведённый на многие иностранные языки.
Научная деятельность В. Н. Шевкуненко и его школы, представителями которой являются А. В. Антелава, Ф. И. Валькер, П. А. Куприянов, М. С. Лисицин, А. В. Мельников, А. Н. Максименков, К. А. Григорович, Е. М. Маргорин, А. Ю. Сазон-Ярошевич и другие (всего 44 профессора), сыграли значительную роль в развитии топографической анатомии и оперативной хирургии в СССР.
Отмечая его вклад в развитие отечественной медицины, Совет Министров СССР учредил премию им. В. Н. Шевкуненко, присуждаемую президиумом АМН СССР за работу по топографической анатомии и оперативной хирургии.
Умер В. Н. Шевкуненко 3 июля 1952 года. Похоронен на Богословском кладбище Санкт-Петербурга. 18 октября 1966 года на здании анатомического корпуса академии В. Н. Шевкуненко установлена мемориальная доска.
Труды
- Типовая анатомия человека. — Л. — 1935. — 232 с. (в соавт. с Геселевичем А. М.)
- Современное лечение косолапости: дисс. Д-ра медицины. — СПб., 1886. ?145 с.
- Типовая и возрастная анатомия. — Л., 1925. ?45 с.
