Биографические данные
Родился в Соснице Малороссийской губернии 13 (24) декабря 1740 года в семье малороссийского сотника Черниговского полка. Принадлежит к старинному дворянскому роду.
В 1756 году начал получать образование в городе Галле (получил диплом доктора права). Позднее жил и продолжал образование в городах Лейден (доктор философии) и Страсбург (доктор медицины). В Страсбурге в 1763 году защитил диссертацию «De gravidarum, parturientium et puerperarum convulsionibus» (Argentorati, 1763 г.). В том же 1763 году вернулся в Россию и после экзамена в медицинской коллегии в Санкт-Петербурге получил право практики в России и вновь учрежденное правительством место врача иностранных колонистов в Астраханской губернии.
Доктор права, философии и медицины. Один из основоположников отечественной эпидемиологии.
В 1769 году короткое время состоял главным полевым доктором в армии и в том же году был перемещен старшим доктором в Московский генеральный госпиталь, где его застала чума 1770 года. Шафонский первым распознал её и должен был бороться не только с эпидемией, но и с невежественным отношением к ней многих московских врачей. По окончании эпидемии он издал её описание — «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 гг., с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений» (М., 1775 г. — авторство на титульном листе не указано), с посвящением Императрице Екатерине II.
В 1776 году назначен штадт-физиком и управляющим медицинской конторой в Москве.
С 1781 года — советник Уголовного Суда в Черниговском наместничестве.
Составил «Черниговского наместничества топографское описание с кратким географическим и историческим описанием Малой России», которое было изданно в Киеве уже после смерти автора, в 1851 году.
Имел чин действительного статского советника.
С 1798 года жил в своем имении в деревне Якличи (Гаповка) Сосницкого повета Черниговской губернии, где и умер 27 марта (8 апреля) 1811 года.
