В первом туре президентских выборов в Зимбабве 29 марта 2008 года набрал 47,9% голосов, а действующий президент Роберт Мугабе — 43,2%.
6 июня 2008 года был арестован и препровождён в полицейское управление Эсигодини (40 км к юго-западу от Булавайо), затем отпущен на свободу. Ранее он также был задержан, но отпущен после звонка президента ЮАР Табо Мбеки.
11 февраля 2009 года назначен премьер-министром, возглавив коалиционное правительство со сторонниками Мугабе.
6 марта 2009 года автомобиль Цвангираи попал в аварию на трассе в Хараре, его жена Сьюзен погибла, а сам он был госпитализирован с травмами, не представляющими угрозы для жизни.
5 апреля 2009 года Моргана Цвангираи постигло новое несчастье — его внук Шон утонул в бассейне особняка, принадлежащего семье премьер-министра.
