После окончания карьеры игрока работал главным тренером клуба АХЛ «Портленд Пайретс», ассистентом главного тренера в клубах НХЛ «Ванкувер Кэнакс» и «Вашингтон Кэпиталз». В 2003—2007 годах занимал должность главного тренера «Кэпиталз», сезон 2008—2009 годов провел на посту главного тренера финского клуба «Йокерит».
Тренировал сборную Белоруссии по хоккею на чемпионатах мира 2005, 2006 и 2009 годов. На чемпионате мира 2006 года в Латвии белорусская сборная заняла лучшее в своей истории 6-е место, а Глен Хэнлон стал человеком года в Белоруссии в области спорта по версии газеты «Прессбол».
Сезон 2009—2010 годов Хэнлон начал на посту главного тренера команды КХЛ «Динамо» (Минск), однако 20 октября был отправлен в отставку из-за неудовлетворительных результатов команды. Спустя 2 недели канадский специалист по собственному желанию оставил пост главного тренера сборной Белоруссии.
В 2010 - 2011 гг. являлся главным тренером сборной Словакии
Интересные факты
Именно в ворота Глена Хэнлона забросил свою первую шайбу в НХЛ Уэйн Гретцки.
