Решением Священного Синода от 24 декабря 2010 года (журнал № 119) освобожден от управления Литовской епархией и почислен на покой по состоянию здоровья.
Детство и юность
Родился в крестьянской семье. Окончил неполную среднюю школу, работал в колхозе. В 1951—1961 годах работал реставратором памятников архитектуры.
Образование и начало церковной деятельности
Окончил Московскую духовную семинарию (1965 год), Московскую духовную академию (1969 год, по заочному сектору).
С 12 сентября 1964 года — диакон. 31 октября 1966 года пострижен в монашество, с 4 ноября 1966 года — иеромонах. Был рукоположен митрополитом Никодимом (Ротовым), келейником которого ранее был. Считает себя учеником владыки Никодима. С 1 марта 1968 года служил в храме во имя преподобного Пимена Великого в Москве. С 1 декабря 1969 года служил в храме в честь Всех Святых в Москве. 15 июля 1971 года был назначен заведующим канцелярией Отдела внешних церковных сношений (ОВЦС) Московского Патриархата. С 2 августа 1971 года — архимандрит.
Архиерей
С 23 апреля 1972 года — епископ Зарайский, викарий Московской епархии (хиротонию возглавил митрополит Никодим). В 1972—1981 годах — заместитель председателя ОВЦС. С 3 сентября 1974 года — епископ Курский и Белгородский. С 2 сентября 1977 года — архиепископ. С 26 декабря 1984 года — архиепископ Иркутский и Читинский, в 1984—1988 годах также временно управлял Хабаровской епархией. С 26 января 1990 года — архиепископ Виленский и Литовский. С 25 февраля 2000 года — митрополит.
В 1970-1980-е годы постоянно конфликтовал с уполномоченными Совета по делам религий, считался «неблагонадёжным». Рукополагал священников из числа выпускников светских высших учебных заведений, а также евреев, что вызывало резкое недовольство государственных органов. Его перемещение из Курска в Иркутск в 1984 году было, по сути дела, ссылкой. Во время служения в Иркутске смог поднять авторитет православия в Сибири, находил взаимопонимание как с русскими националистами, так и с либеральными диссидентами.
Сторонник экуменического движения, считает, что «Двадцатый век — это век экуменизма, единения христианских церквей». В интервью «Московским новостям» (от 15 июля 1997 года) заявил:
пусть меня обвинят в ереси (я этого не боюсь!), тем не менее… я глубоко убежден, что католическая церковь такая же спасительная для католиков, как православная для нас. Тысячу лет западные и восточные христиане были единой церковью. Все основные догматы, изложенные в Символе веры, общие.
Один из самых либеральных архиереев Русской православной церкви. Полагает, что вопросы богослужебного языка и календарного стиля, которые «не имеют догматического значения», часто становятся камнем преткновения, в результате чего «мы превратились в фарисеев, худших, чем те, что были при жизни Христа».
24 декабря 2010 года по собственному прошению почислен на покой.
Отношения с КГБ
Единственный архиерей Русской православной церкви, публично признавший (в 1992 году) факт сотрудничества с КГБ (в 1972—1990 годах под псевдонимом «Реставратор»). Объяснял это своё решение необходимостью защиты интересов церкви: «Если я что-то и делал, работая с ними, то исключительно в стратегических целях, спасая церковь». Кроме того, со своими связями в центральном аппарате КГБ он мог не опасаться интриг со стороны региональных чекистов во время служения в Курске и Иркутске. По словам владыки Хризостома, в качестве одного из руководителей ОВЦС он предоставлял «органам» информацию внешнеполитического характера. Так, после посещения Эфиопии в составе официальной церковной делегации в январе 1974 года, он на основании общения с местными религиозными деятелями пришёл к выводу о непрочности монархического режима и возможности революции в этой стране (которая вскоре и произошла). Прекратил связи с КГБ после перевода в Вильнюс в начале 1990 года.