Учился в Кёльнской консерватории у Брама Элдеринга, затем в Праге у Отакара Шевчика. Познакомившись в 1907 годы в Кёльне с уже преподававшей там в это время пианисткой Элли Ней, ван Хоогстратен много выступал в дуэте с ней в Германии и других странах Европы; в 1911 году они поженились (брак распался в 1927 году).
Одновременно уже с 1914 года ван Хоогстратен начал карьеру дирижёра. В 1920-30-е годы он работал, главным образом, в США, будучи вторым дирижёром Нью-Йоркского филармонического оркестра в 1923—1925 годах и главным дирижёром Орегонского симфонического оркестра в 1925—1938 годах. В 1938—1944 годах ван Хоогстратен занимал пост главного дирижёра зальцбургского оркестра Моцартеум, согласившись заменить на этом посту многолетнего руководителя оркестра Бернхарда Паумгартнера, вынужденного покинуть Австрию после аншлюсса из-за своего еврейского происхождения.
