Хименес родился в 1808 году на Кубе. Родители — Хуан Хименес и Альтаграсия Гонсалес.
После провозглашения независимости Доминиканской Республики Хименес занимал пост военно-морского министра при президенте Педро Сантане. 4 августа 1848 года Сантана ушёл в отставку вследствие политического и экономического кризиса, и через четыре дня Хименес был избран президентом. В том же году гаитянские войска под командованием императора Сулука вторглись в Доминиканскую республику. Хименес не смог остановить вторжение и обратился к Сантане за военной помощью. Сантана смог победить гаитян, тем самым получив слишком большую власть, и конгресс потребовал отставки Хименеса. Его преемником стал Буэнавентура Баес.
Мануэль Хименес был дважды женат. Первый раз он женился на Марии Франсиске Равело де лос Рейес 19 августа 1835 года в Санто-Доминго. От неё имел пять детей: Мария дель Кармен, Исабель Эмилия, Мария де лос Долорес, Мануэль Мария и Мануэль де Хесус. Второй раз он женился на Альтаграсии Перейре Перес 21 мая 1849 года. Сын от этого брака, Хуан Исидро Хименес, впоследствии стал президентом Доминиканской Республики.
Мануэль Хименес умер 22 декабря 1854 года на Гаити.
