Харитон был родом из Иконии (Малая Азия). В своём родном городе пострадал во время гонений на христиан при императоре Аврелиане (270—275). Житие преподобного описывает его мучения следующим образом: «Святого же так били по всему телу, что видны были и внутренности его; ибо мясо отпадало от костей, кровь лилась рекою, и всё тело стало сплошною язвою». После длительных мучений Харитона заключили в темницу откуда он был освобождён в правление императора Тацита. Получив свободу, он отправился в паломничество на Святую Землю. В окрестностях Иерусалима он был захвачен разбойниками, которые привели его в пещеру. От смерти Харитона спасло то, что в пещеру вползла змея и своим ядом отравила сосуд с вином, выпив которое разбойники погибли.
Харитон остался жить в этой пещере, устроил в ней церковь. Вскоре у него появились последователи и в том месте образовалась Фаранская лавра, ставшая первой монашеской обителью в Иудейской пустыне. Кроме неё Харитоном была основаны Иерихонская лавра в пещерах Сорокадневной горы (см. Монастырь Искушения) и Суккийская лавра на потоке Сукка, между Фекуею и Мёртвым морем (греческое название — «Старая (Ветхая) лавра»).
Преподобный Харитон остался жить в Суккийской лавре, но желая умереть на месте начала своих отшельнических подвигов, вернулся в Фаранскую лавру где скончался около 350 года. Был погребён в церкви, построенной на месте пещеры разбойников.
