Изучал теологию и классические дисциплины в Пассау, в 1862 г. рукоположён в католические священники. Учился у Карла Прошке, после смерти последнего завершил в 1862 г. издание четвёртого тома подготовленного Прошке собрания старинной духовной музыки «Musica Divina». Преподавал музыку в семинарии. В 1867—1870 гг. жил в Риме, руководил хором немецкой церкви, одновременно проводя разыскания в области средневековой церковной музыки; в 1868 г. опубликовал издание григорианских хоралов, признанное Ватиканом как каноническое. С 1871 г. работал в Регенсбурге, первоначально как руководитель хора в кафедральном соборе. Основал и возглавил Общество Святой Цецилии — организацию, ставившую своей задачей вернуть в обрядовую практику католической церкви музыку XVI века, заместив ею позднейшую церковную музыку, отмеченную светским, концертным влиянием. Работал над фундаментальными изданиями сочинений Джованни Палестрины (в 33 томах, завершено в 1908 г.) и Орландо ди Лассо (не окончено). Редактировал журнал Musica Sacra и газету «Листки церковной музыки» (нем. Fliegende Bl?tter f?r Kirchenmusik).
Наиболее значительным учеником и продолжателем Хаберля был Лоренцо Перози.
