Наиболее известен как гитарист группы Red Hot Chili Peppers, в составе которой он записал 5 альбомов. Фрусчанте также ведет активную сольную карьеру — на настоящий момент он выпустил десять альбомов под своим именем и два в составе сайд проекта Ataxia, в который кроме него входит Джо Лэлли (Joe Lally) из Fugazi и Джош Клингхоффер (Josh Klinghoffer). Сольные работы Фрусчанте соединяют в себе элементы множества стилей: от экспериментальной рок-музыки и эмбиента, до New Wave и электроники. Как гитарист Джон формировался под влиянием различных музыкальных направлений.
Фрусчанте присоединился к Red Hot Chili Peppers когда ему было 18 лет, и впервые отметился в дискографии группы в 1989 году на альбоме Mother’s Milk. Следующий альбом группы, Blood Sugar Sex Magik (1991), стал для группы прорывом и принёс ей широкую известность. Однако Джон, потрясенный внезапно обретённой популярностью, уходит из группы в 1992 году, становится затворником и вступает в долгий период героиновой зависимости, в течение которого он выпускает свои первые сольные работы: Niandra Lades and Usually Just a T-Shirt (1994) и Smile from the Streets You Hold (1997).
В 1998 году Фрусчанте успешно проходит курс реабилитации и возвращается в Red Hot Chili Peppers. В следующем году выходит новый альбом группы под названием Californication. С этого времени Джон играл в Red Hot Chili Peppers. В 2003 году журнал Rolling Stone поместил его на 18-ю позицию в рейтинге «100 величайших гитаристов всех времен». 16 декабря 2009, после серии слухов о уходе Фрусчанте из группы, в его официальном блоге появилась запись, в которой говорилось о том, что он покинул группу. Там же он написал, что его место скорее всего займёт Джош Клингхоффер. В 2010 году Джон выбран величайшим гитаристом 30-летия по результатам голосования BBC.
