Являлся наследником престола, однако в 1918 году его отец подписал отречение, с которым закончилось правление Мекленбургской династии. После 1918 года с родителями переехал в Людвигслуст.
В 1931 году против воли отца вступил в СС, дослужившись к 1936 году до гауптштурмфюрера. Во время Второй мировой войны работал в немецком посольстве в Дании личным помощником Вернера Беста. Летом 1944 года служил в танковом корпусе войск СС.
В 1944 году семейный совет Мекленбургского дома решил назначить наследником главы дома вместо Фридриха Франца его младшего брата Христиана Людвига, который и стал главой Дома после смерти отца. В 1945 семья переехала во Фленсбург, где в этом же году скончался его отец. Вскоре с матерью Фридрих Франц переехал в Глюксбург, где умерла его мать в 1963 году. В Глюксбурге герцог провёл оставшиеся годы своей жизни.
11 июля 1941 женился на Карине Элизабет фон Шапер (род. 1920), дочери Вальтера фон Шапера и его жены баронессы Луизы фон Мюнхгаузен. Детей не имел. Его брат, Христиан Людвиг, умерший в 1996 году имел только двух дочерей, поэтому со смертью Фридриха Франца в 2001 году мужская линия Мекленбургского дома прервалась.
