Правление дожа пришлось в начале эпохи итальянского Ренессанса. Фоскари был избран, когда Венеции пришлось вести длительную череду войн против Милана. Миланом в то время управлял герцог Филиппо Мария Висконти, чьи амбиции распространялись на доминирование над всей Северной и Средней Италией.
Несмотря на победы, война была чрезвычайно дорогостоящей для Венеции и её союзника Флоренции. В конечном счете Милан под руководством Франческо Сфорцы одержал вверх. В 1454 году Сфорца установил окончательные границы между Миланским герцогством и Венецианской республикой.
В 1445 году Совет Десяти осудил сына дожа Якопо по обвинению в взяточничестве и коррупции и выслал его из Венеции. Дальнейшие проступки Якопо в 1450 и 1456 годах привели его к заключению на остров Крит, где тот и умер. Новость о смерти сына, а также давление Большого совета заставили Франческо Фоскари в октябре 1457 года оставить пост дожа. Случай в истории венецианских дожей примечательный, так как большинство дожей правили до смерти. Пережитые события приводят к тому, что через неделю после отставки Франческо умирает. Венецианский народ настоял, чтобы Фоскари был похоронен как официальное лицо со всеми почестями.
Гробница дожа находится в церкви Санта-Мария деи Фрари.
Жизнь Фоскари была сюжетом пьесы «Двое Фоскари», написанной лордом Байроном. Пьеса послужила основанием одноименной оперы Джузеппе Верди, премьера которой состоялась 3 ноября 1844 года.
