Биография
Родился в еврейской купеческой семье. Брат Матвея Исидоровича Фондаминского.
Учился в частной гимназии Креймана в Москве.
В 1900—1904 гг. учился на философских факультетах Берлинского и Гейдельбергского университетов. Вместе с В. М. Зензиновым, Н. Д. Авксентьевым и др. входил в кружок молодых социалистов-революционеров. 10 марта 1902 был арестован на русско-немецкой границе и заключён на два месяца в тюрьму за транспортировку революционной литературы. Вступил в партию социалистов-революционеров.
В 1903 году женился на Амалии Гавронской, внучке чайного "короля" Высоцкого.
Революция 1905 года
В декабре 1904 года Фондаминский вернулся в Москву и стал одним из руководителей Московского городского комитета ПСР, занимался вопросами пропаганды. В 1905 году кооптирован в состав ЦК ПСР. В сентябре 1905 года Фондаминский и его жена были арестованы и заключены в Таганскую тюрьму, освобождены в октябре того же года. Участвовал в организации декабрьского восстания в Москве.
После подавления восстания уехал в Финляндию, где в январе 1906 года принял участие в работе проходившего в Гельсингфорсе 1-го съезда партии эсеров. Участвовал в организации восстания на крейсере «Память Азова». 20 июля прибыл на крейсер в шлюпке вместе с двумя другими агитаторами. Однако, к тому моменту восстание было уже подавлено, и Фундаминский был арестован матросами, сохранившими верность присяге. При аресте назвался Арсением Александровичем Бельским.
31 июля 1906 года на военно-морском суде особой комиссии по делу о восстании просил в качестве свидетелей вызвать лодочников. Так как было показано, что Фундаминский прибыл на корабль после подавления восстания, военно-морской суд снял с него обвинение в посягательстве на насильственное изменение установленного образа правления и передал дознание о нём прокурору Ревельского окружного суда.
Впоследствии это дело было 7 октября 1906 года затребовано от прокурора Ревельского окружного суда эстляндским генерал-губернатором и передано военному присутствию Петербургского военно-окружного суда. Однако и второй военный суд тоже его оправдал. Опасаясь нового суда, Фондаминский вместе с женой эмигрировал во Францию.
В эмиграции
В 1907—1917 годах жил в Париже. В мае 1909 года участвовал в работе 5-го Съезда партии социалистов-революционеров, где был избран в один из руководящих органов партии — Заграничную делегацию.
В 1912 году вместе с Н. Д. Авксентьевым выпускал журнал «Почин».
С начала Первой мировой войны Фондаминский стоял на оборонческих позициях, вместе с Г. Плехановым редактировал журнал «Призыв», который выступал против пораженцев.
Революция 1917 года
В феврале 1917 года вместе с Н. Д. Авксентьевым и Б. В. Савинковым вернулся в Петроград. В апреле 1917 года был избран товарищем председателя Исполнительного комитета Совета крестьянских депутатов. Летом 1917 года Фондаминский был назначен Временным правительством комиссаром Черноморского флота. Был избран во Всероссийское Учредительное собрание от Черноморского флота.
В 1918 году — член Союза возрождения России. Редактировал орган союза — «Возрождение» («Сын Отечества»). Участвовал в Ясском совещании.
Вторая эмиграция
Весной 1919 года вместе с женой эмигрировал во Францию, поселился в Париже.
Член парижской масонской ложи «Братство» (Fraternit?)(ВВФ), посвящён по рекомендации Кандаурова и Мекка (1919—1920), ложи «Добрый самаритянин» (1920—1921).
Был одним из редакторов ведущего журнала эмиграции «Современные записки» (1920—1940). Благодаря Фондаминскому журнал был открыт для авторов различных направлений общественно-политической мысли и различных литературных течений. Так, в журнале публиковались работы Л. Шестова, С. Франка, Г. Флоровского, Д. Мережковского; художественные произведения И. Бунина, В. Набокова, А. Ремизова, М. Алданова. В 1937—1939 годах — редактор «Русских записок».
В 1931—1939 годах вместе с Г. П. Федотовым и Ф. А. Степуном издавал христианско-демократический «Новый град».
Активно участвовал в деятельности эмигрантских политических и общественных организаций. Участник Русского студенческого христианского движения (РСХД) и объединения «Православное дело».
В 1935 году умерла жена Фондаминского.
В июне 1940 года бежал из Парижа от наступающих немецких войск в неоккупированную зону, но вернулся в Париж. 22 июня 1941 года арестован германскими оккупационными властями в числе большой группы из около 120 русских масонов. Содержался в лагере Компьень, где 20 сентября 1941 года был крещён в православие. В 1942 году был отправлен в лагерь в Дранси, а затем в Освенцим, где и погиб.
Канонизирован Константинопольским Патриархатом в 2004 году как святой мученик.. День памяти в Православной Церкви - 20 июля.
