Биография
Родился в селе Олочи Нерчинско-Заводского района Читинской области. Из казаков. Учитель в деревне Заевка, Хабаровского уезда. В 1917 году окончил школу прапорщиков. Член ВКП (б) с 1917 года, член Хабаровского совета.
Гражданская война
В июле 1918 года Флегонтов сформировал красноармейский отряд добровольцев при Хабаровском отделе маршевых рот, который по прибытии на Уссурийский фронт был в селе Успенка переформирован во 2-й Хабаровский батальон. В конце июля близ Каульских высот Флегонтов возглавил отряд в составе Хабаровского и Спасского батальонов, который должен был действовать на левом фланге с задачей нанести удар по тылам войск Чехословацкого корпуса. 31 июля его батальоны с боем заняли все высоты, прилегавшие к переправам у Шмаковского монастыря и деревни Иннокентьевка и обеспечил переправы войск фронта через реку Уссури, а также занятие Шмаковского монастыря. В ходе продолжавшегося наступления Уссурийского фронта А. К. Флегонтов возглавил командование левого участка фронта и в августе отличился умело проведённой операцией по разгрому сил атамана И. П. Калмыкова в посёлке Руновка.
После падения советской власти на Дальнем Востоке — командир партизанского отряда в Забайкалье. После выступления японской армии 5 апреля 1920 года Флегонтов был назначен начальником боевого участка, которому была придана артиллерия, вывезенная отрядом И. П. Шевчука из Хабаровска. В 1920 году — командир полка, затем командир 2-й стрелковой бригады, вошедшей 12 июля 1920 года в состав вновь сформированной — Амурской дивизии С. М. Серышева. 30 июля 1920 года А. К. Флегонтов был назначен начальником 1-й Амурской дивизии Народно-революционной армии Дальневосточной Республики (ДРВ). 23 октября 1920 года его войска (3-я стрелковая бригада Е. Ф. Казанджи) вошли в Хабаровск. 8 ноября 1920 года Флегонтов был назначен командиром 4-й Благовещенской стрелковой дивизии (нач.штаба А. Ф. Хренов. 10,11, 12 стрелковые бригады) вновь сформированной 2-й Амурской армии С. М. Серышева. 17 июня 1921 года во время реформ нового военного министра ДВР В. К. Блюхера А. К. Флегонтов был назначен командиром 5-й Хабаровской дивизии (31, 32, 33 стрелковые полки и кавалерийский дивизион) 2-й Амурской армии, а 15 июля того же года его дивизия была переформирована в 5-ю Хабаровскую стрелковую бригаду трёхполкового состава. 3 ноября 1921 года Флегонтов был назначен членом военного совета вновь созданного Забайкальского военного округа.
С 19 ноября временно исполнял обязанности командующего войсками Забайкальского военного округа. Исполняющий обязанности Главнокомандующего Народно-революционной армией и Военного министра ДВР С. М. Серышев, оценив обстановку отбыл вместе с ним в Хабаровск, куда они прибыли 11 декабря 1921 года. Здесь Серышев назначил Флегонтова командующим партизанскими отрядами Приморья и с группой товарищей отправил в тыл белой армии для организации партизанского движения.
Вечером 14 декабря Флегонтов со своей группой на поезде прибыли на станцию Котиково и узнали, что Розенгартовка в 18 верстах от них уже занята каппелевскими частями. Они перебрались в находившуюся рядом деревню Котково, а на рассвете 16 декабря, за несколько часов до занятия её белыми, ушли в тайгу. Через 10 дней пути Флегонтов и его соратники в долине реки Силан встретили первый партизанский отряд и продолжили путь по долине реки Иман, попутно формируя партизанские отряды и организуя деморализованное поражениями партизанское движение. Они по Улахинской долине вышли к деревне Чугуевка, а оттуда, перейдя через хребет Сихотэ-Алинь вышли в Сучанскую долину, где установили связь с партизанским штабом Сучанской долины во главе с Михаилом Вольским. Там Флегонтов организовал совет партизанских отрядов и до апреля 1922 года был командующий партизанскими силами Приморья.
