В реальности, указанные письма посвящены иным вопросам и говорят не о Москве или России, но «Ромеиском царстве», которое отождествляется с Московским княжеством, и о котором Филофей порочествует: «<…> два убо Рима падоша, а третий стоит, а четвертому не быти». Схожая идея была выдвинута существенно ранее митрополитом Зосимой в предисловии к его труду «Изложение Пасхалии».
Предполагаемое авторство Филофея сочинения «Об обидах Церкви» к царю Ивану IV Васильевичу, опровергается учеными, так как оно содержит элементы полемики с первым Посланием. Продолжатель Филофея связал тему «Третьего Рима» с защитой имущественных прав церкви.
В августе 2009 года сообщалось, что псковскими археологами была обнаружена могила, предположительно принадлежащая Филофею.
