Родился в крестьянской старообрядческой семье. В 1914 ушёл в Малиновский древлеправославный мужской монастырь, находившийся в 22 км от Нижнего Новгорода, где прожил 15 лет. Был пострижен в монашество. После закрытия монастыря в 1919 поселился в городе Семёнове, где жил при старообрядческом храме в честь святителя Николы. С 1924 — священноинок Древлеправославной церкви (рукоположён архиепископом Николой (Поздневым)), был назначен настоятелем церкви деревни Ивановской, в том же году участвовал в Мироварении в Москве. С 1929 служил в Свердловске.
Зимой 1930 был рукоположён епископами Стефаном (Расторгуевым) и Пансофием (Ивлиевым) во епископа Свердловского. Хиротония состоялась в Бугуруслане, где жил епископ Стефан. После хиротонии епископ Филарет был арестован органами ОГПУ в Бугуруслане, и с 17 февраля по 4 марта 1930 находился в заключении. С августа 1930 — епископ Семипалатинско-Свердловский и всея Сибири. Участвовал в хиротонии епископа Феодора (Шашина).
10 мая 1935 был арестован (поводом для ареста стало изъятие у епископа при обыске 25 рублей серебряными и никелевыми монетами). 31 августа 1935 Особым совещанием при НКВД СССР приговорён к трём годам лишения свободы. После окончания этого срока заключения не был выпущен на свободу, и скончался в Сиблаге НКВД в 1942.
