Детство и образование
Елисей (его светское имя) родился в купеческой семье. Об отце ничего не известно, носил фамилию матери. Оставшись в раннем возрасте сиротой, был взят на воспитание дядей — Феофаном Прокоповичем, ректором Киево-Братской коллегии и наместником Киево-Братского монастыря. Образование получил в Киево-Могилянской академии; совершенствовал свои знания во Львове и после перехода в униаты обошел пешком всю Европу. Посещал университеты в Лейпциге, Халле, Йене. В 1701 году в Риме поступил в прославленную тогда иезуитскую коллегию св. Афанасия, учреждённую для греков и славян.
Прослушав в этой коллегии полный курс, приобрёл громадную начитанность в исторических, богословских и философских сочинениях, а также в древнеклассической литературе и своими выдающимися дарованиями обратил на себя внимание папы, но не пожелал остаться в Риме и в 1704 году вернулся в Киев. Обладал чрезвычайно глубокими познаниями в математике. Знал много европейских языков.
Преподавательская деятельность в Киеве
Вернувшись в Киев и снова обратившись в православие, он стал преподавать в Киево-Могилянской академии сначала пиитику, потом риторику, философию и, наконец, богословие, и по всем этим предметам составил руководства, очень замечательные для своего времени ясностью изложения и отсутствием схоластических приёмов.
Будучи преподавателем пиитики и удовлетворяя обычаю, требовавшему сочинения драматических представлений для школьной сцены, написал трагидокомедию «Владимир», в которой, изображая победу христианства над язычеством и осмеивая жрецов, как поборников суеверия и невежества, выступил горячим защитником просвещения и сторонником начатой уже Петром Великим решительной борьбы со старыми московскими предрассудками. По случаю Полтавской победы 1709 года сочинил панегирическую проповедь, которая была, по приказанию Петра, переведена на латинский язык самим автором.
В 1711 году был вызван в царский лагерь во время Прутского похода, а по возвращении оттуда сделан игуменом Братского монастыря и ректором Академии.
Продолжая свою преподавательскую деятельность, издал ряд популярных рассуждений, диалогов и проповедей о различных богословских вопросах. Все эти сочинения отличаются живым и остроумным изложением и стремлением к критическому анализу. Несмотря на полученное в юности католическое обарзование Феофан являлся заклятым противником всего католического в науке и жизни и поклонником новой европейской науки, созданной Ф. Бэконом и Р. Декартом; он решительно выступал с резким, принципиальным отрицанием всякого авторитета духовенства как учительского сословия, требуя свободного, критического отношения ко всем научным и жизненным вопросам и опровергая старую теорию о первенстве духовной власти над светской и вообще о первенстве духовенства над всеми прочими общественными классами.
В Петербурге
Пётр I, узнав образ мыслей Феофана и убедившись в его выдающихся способностях, в 1716 году вызвал его в Петербург для осуществления реформы церкви.
Здесь сначала выступил в качестве проповедника-публициста, разъясняя действия правительства и доказывая необходимость преобразований, а также осмеивая и сатирически обличая её противников. Из этих проповедей особенно замечательны слово о царском путешествии за границу и «Слово о власти и чести царской» (1718), посвящённое доказательству необходимости для России неограниченного самодержавия, причём проповедник особенно вооружался на «богословов», полагавших, что власть духовная выше светской.
Так как после основания Петербург оставался без собственного епископа, 2 июня 1718 года был хиротонисан во епископа Псковского и Нарвского, фактически пребывая в Петербурге, и с того времени становится главным помощником Петра Великого в делах духовного управления. Через его руки проходят, им составляются или, по крайней мере, редактируются все важнейшие законодательные акты по делам церкви; по поручению царя он пишет предисловия и толкования к переводам иностранных книг, учебники, богословские и политические трактаты и проч. Им составлен «Духовный регламент» (1721), «Слово похвальное о флоте российском», «Слово о власти и чести царской» (1718), написаны предисловие к Морскому уставу (1719), краткое руководство для проповедников, «Объявление» о монашестве (1724), трактат о патриаршестве, «Первое учение отроком», рассуждения о браках с иноверцами, о крещении, о расколе, подробный комментарий к «Уставу о престолонаследии» под заглавием: «Правда воли монаршей во определении наследника державы своей» (1722) и мн. др. Феофан выступал также как поэт, автор силлабических виршей («За Могилою Рябою» — о Прутском походе, посвящение Антиоху Кантемиру, эпиграммы).