В 1990 году президент Кот-д’Ивуара Феликс Уфуэ-Буаньи назначил его руководитилем межминистерского ведомства по стабилизации и развитию экономики. 7 ноября 1990 года был назначен премьер-министром. 9 декабря 1993 года, через два дня после смерти Уфуэ-Буаньи, Уаттара покинул пост премьер-министра. В 1994-1999 работал в МВФ в должности заместителя директора-распорядителя (Deputy Managing Director). Перед президентскими выборами 1995 года оппозиционная партия «Объединение республиканцев» намеревалась выставить его в качестве единого кандидата, однако Уаттара впоследствии отказался от участия в выборах. 1 августа 1999 года был избран руководителем «Объединения республиканцев».
Уаттара не был допущен к участию в президентских выборах 2000 года из-за того, что его мать была родом из Буркина-Фасо (впоследствии она получила ивуарийское гражданство). По конституции страны на пост президента может претендовать только тот кандидат, у которого оба родителя - ивуарийцы по рождению, а не по натурализации. Таким образом, все люди, рождённые в смешанных браках, исключаются из возможной борьбы за президентский пост. Это обстоятельство усугубило уже намечавшийся раскол общества по этническому признаку. К тому времени от трети до половины населения страны составляли лица зарубежного происхождения, в основном работавшие ранее в сельском хозяйстве, пришедшем по причине ухудшившейся экономической конъюнктуры в упадок.
В первом туре президентских выборов 2010 года Алассан Уаттара получил около 33% голосов и прошёл во второй тур. По предварительным данным, он победил во втором туре выборов, однако эти известия привели к беспорядкам и закрытию границ страны. После президентских выборов в Кот-д'Ивуаре разразился острый политический кризис, который продолжался до 11 апреля 2011 года, когда сторонники Уаттары установили контроль над территорией страны и Абиджаном, президент Лоран Гбагбо был арестован, новым президентом стал Уаттара. 21 мая в Ямусукро он официально вступил в должность президента Кот-д’Ивуара.
17 февраля 2011 года избран председателем Экономического сообщества стран Западной Африки (ЭКОВАС).
