Детство и юность
Барзани родился 14 марта 1903 года в поселке Барзан, в семье лидера одноимённого племени, шейха Мухаммеда. Отец вскоре после рождения сына умер, и Мустафу воспитывали его братья, шейх Абдель-Салям, а после ареста последнего турками (1914) и казни — шейх Ахмед Барзани. Сам Барзани рассказывал, что его первым детским воспоминанием является арест его семьи турками (после очередного восстания) и заключение его с матерью в тюрьму. «Я открыл глаза, чтобы увидеть себя пленником» — говорил он .
Барзани получил традиционное религиозное образование в медресе в Барзане и Сулеймании, где считался лучшим учеником; за познания в богословии он стал известен под уважительным прозвищем «Молла Мустафа». Он находился под большим влиянием личности своего старшего брата шейха Ахмеда, который, по его признанию, заменил ему отца .
В боевых действиях Барзани принимал участие, начиная с 1919 года, то есть с 16-летнего возраста, когда он был послан братом во главе отряда против англичан для поддержки Махмуда Барзанджи. Вскоре он участвовал в экспедиции, имевшей целью спасение нескольких армянских семейств от турецкой резни. Во время барзанского восстания 1931—1932 годов. Барзани впервые отличился как полководец, разгромив в долине Важи иракскую колонну (два батальона, усиленных тремя кавалерийскими и полицейскими ротами и артиллерийской батареей). После подавления восстания он эмигрировал в Турцию, затем сдался на амнистию, но, вопреки обещаниям, был сослан вместе с шейхом Ахмедом и всей семьёй на юг Ирака, затем в Сулейманию. При этом была предпринята первая попытка убить его (губернатор Мосула пытался отравить его с помощью кофе).
Восстание 1943—1945 гг. и Мехабадская республика
В 1943 году Барзани с помощью националистической организации «Хива» («Надежда») бежал из Сулеймании в Иран, собрал там отряд, вторгся в Барзан и поднял новое восстание, разоружив все полицейские посты в области. Под давлением англичан иракское правительство заключило с ним перемирие, пообещав автономию для Барзана. В августе 1945 года боевые действия были возобновлены при помощи английских танков и авиации, и Барзани, после первых успехов, был вынужден покинуть Барзан. Вместе со всем племенем (10 тыс. человек, из них 2 тыс. вооружённых мужчин) Барзани ушёл в советскую зону оккупации в Иране, где вскоре была провозглашена Мехабадская Республика; Барзани был назначен главнокомандующим её силами и получил звание генерала. 16 августа 1946 года Барзани был заочно избран председателем новообразованной Демократической Партии Курдистана.
Поход в СССР
После падения Мехабадской республики в декабре 1946 года Барзани и барзанцы оказались в сложном положении. В результате весной было принято решение: племени возвращаться в Ирак, тогда как сам Барзани с добровольцами сделает попытку прорваться в СССР. Собрав отряд из 500 человек, Барзани выступил из Барзана через территорию Турции и Ирана и, разбив при Маку иранские войска, вышел к реке Аракс и 17—18 июня 1947 года в районе Нахичевани, Азербайджана, вступил в СССР.
По воспоминаниям П.Судоплатова «Прорвавшиеся через границу боевые отряды Барзани насчитывали до двух тысяч бойцов, с ними находилось столько же членов их семей» . В СССР барзанцам некоторое время давали военное обучение в Азербайджане, но затем их сослали в Узбекистан. П.Судоплатов вспоминал, что «Советские власти сначала интернировали курдов и поместили в лагерь, а в 1947 году Абакумов приказал мне провести переговоры с Барзани и предложить ему и прибывшим с ним людям политическое убежище с последующим временным расселением в сельских районах Узбекистана поблизости от Ташкента. Советская сторона согласилась, чтобы Барзани и часть его офицеров прошли спецобучение в наших военных училищах и академии. Я также заверил его, что расселение в Средней Азии будет временным, пока не созреют условия для их возвращения в Курдистан.»