С 1992 года по 1993 год возглавлял клуб «Сахалин». Под руководством Тибилова «Сахалин» провёл более 50 матчей. Позже тренировал в Азербайджане, одним из его воспитанников был Автандил Гаджиев. В 1999 году был главным тренером иранского клуба «Трактор Сази». Затем Борис Тибилов тренировал женскую юношескую сборную Азербайджана до 19 лет. Вместе с командой занял второе место на Кубке Роя в Латвии в 2004 году.
До 2006 года Борис Тибилов был помощником тренера женской сборной Азербайджана. После отставки главного тренера национальной женской сборной Азербайджана Венеры Мурадовой в апреле 2006 года, Тибилов стал исполняющим обязанности главного тренера.
В июле 2007 года был назначен главным тренером женского клуба «Нефтчи» из Баку.
