В 1504-1508 гг. находился среди киргизов Моголистана, которых возглавлял его брат Султан-Халил. Всё это время они вели междоусобную войну со своим дядей Султан-Махмуд-ханом I. В 1508 г. после убийства Султан-Махмуд-хана I вместе с братом Султан-Халилом вступил в борьбу за власть с Мансур-ханом, однако в том же году был разбит им в битве при Чарун-Чулане близ Алматы и бежал в леса около Нарына, а через несколько месяцев отправился в Кабул, где поступил на службу к своему двоюродному брату Бабуру. В 1509-1511 гг. управлял Ташкентом. В 1511 г. вместе с Бабуром вернулся в Мавераннахр и в 1512 г. был назначен правителем Ферганы.
В 1514 г. во главе пятитысячного войска через перевал Торугарт (близ оз. Чатыр-Куль), вместе со своим соратником и двоюродным братом Мирза Мухаммад Хайдар дуглатом начал военные действия против владетеля Манглай-Субе амира Аба Бакра бин Саниз-мирзы. Разбив войска амира Аба Бакра, он захватил Кашгар, Яркенд, Янги-Хисар, Хотан, Аксу, Кусан и основал независимое ханство Мамлакат-и Моголийе (Могулия) со столицей в Яркенде. В 1516 г. состоялась его встреча со старшим братом Мансур-ханом, правителем Моголистана. Султан-Саид-хан формально признал старшего брата верховным ханом, обязался чеканить монету с его именем и упоминать его в хутбе.
В 1522 г. откочевавшие из улуса мангытов узбек-казаки вытеснили его из Центрального Моголистана.
Умер от приступа астмы в горах, возвращаясь из похода на Малый Тибет (Ладак).
