Джон Стюарт происходил из одной из боковых ветвей дома Стюартов и был потомком графов Бухана. В 1630 г. он был назначен заместителем лорда-казначея Шотландии, а в 1634 г. принял участие в суде над лордом Балмерино, причем по некоторым данным его голос был решающим для вынесения приговора о смертной казни. С 1636 г. Траквер состоял в должности лорда-казначея Шотландского королевства. Финансовые мероприятия Траквера, направленные на повышение доходов казны, вызвали рост недовольства в Шотландии, вылившиеся в волнения 17 октября 1637 г. в Эдинбурге.
В то же время церковная политика короля Карла I привела к сплочению шотландского общества в защиту пресвитерианства. В результате к концу 1637 г. Шотландию захлестнуло мощное восстание. В самом государственном совете часть должностных лиц симпатизировала движению. В декабре 1637 г. Траквер был отправлен в Лондон для доклада королю о положении дел в стране. Он вез предложения по некоторым уступкам в церковной сфере, которые должны были успокоить общество. Однако Карл I отказался идти на компромисс и миссия Траквера провалилась. 28 февраля 1638 г. шотландская оппозиция подписала «Национальный ковенант», который стал ядром объединения страны против короля. Государственный совет Шотландии отказался осудить Ковенант и перешел на сторону восставших. Траквер пытался сохранять лояльность королю и тайно переправил оружие в королевский замок Далкейт, однако, в марте 1639 г. был вынужден сдать замок ковенантерам.
В августе 1639 г. Траквер был назначен представителем короля на генеральной ассамблее шотландской церкви в Эдинбурге и принял участие в принятии акта об упразднении епископата. Однако вскоре граф воспрепятствовал открытию парламента, на котором предполагалось утвердить это решение. Такая непоследовательность Траквера не могла не вызвать подозрение как у ковенантеров, так и у роялистов, и в 1641 г. шотландский парламент даже выдал ордер на арест графа и приговорил его к смерти за измену Ковенанту. Королю удалось добиться отмены приговора, однако Траквер был вынужден оставить пост лорда-казначея Шотландии. В 1644 г. граф вновь был осужден за противодействие Ковенанту, объявлен «врагом истинной веры» и приговорен к штрафу в размере 40 тысяч шотландских марок.
В 1645 г. сын Траквера, лорд Линтон, командующим отрядом в роялистской армии маркиза Монтроза, покинул вместе со своими солдатами расположение войск накануне решающей битвы при Филиппхоу, в которой роялисты были наголову разгромлены ковенантерами. Это дало повод подозревать измену Траквера. В 1646 г. граф был восстановлен парламентом Шотландии в правах и примкнул к «ингейджерам», сторонникам примирения с королем. Траквер принял участие в военных действиях нового шотландского правительства против английского парламента и был пленен в битве при Престоне (1648).
В 1654 г. Траквер был освобожден из английского заключения по приказу Оливера Кромвеля, а 27 марта 1659 г. граф скончался.
